Одвоен од Арктичкиот басен со островот Елсмир и деловите на Канадскиот Архипелаг, Бафиновиот Залив е главно длабоко арктичко море. Од средината на август до октомври, во залиов нема лед, но зиме се образува ледена покривка и се движи југоисточно носен од постојаните ветрови. Поради масите натрупан лед кои влегуваат од северните протоци и ледените брегови што се откршиле од ледниците на северозападниот дел на Гренланд, овој залив не е пловен во најголемиот дел од годината. Важна особеност е Северната водна полинија, отворена водна површина каде би се очекувала дебела ледена кора. Нејзиното постоење може да се поврзе со топлата Западногренландска струја која во заливот влегува од југ.
