Ромејски остатоци од Северната црква (чувани во истанбулските археолошки музеи)
Липскиот манастир или денешната џамија Фенари Иса е верски објект од 10 век. Во 908 година византискиот адмирал Константин Липс во присуство на императорот Лав VI ја отворил новата црква во Цариград[1][2]. Храмот бил посветен на Пресвета Богородица, но бил познат како манастирот на Липс[3].
Оваа црква била изградена врз темелите на црква од 6 век[4], каде биле чувани моштите на Света Ирина. Во овој период црквата била позната како Северна црква. По 1261 година и повторното воспоставување на Византија, во периодот од 1286 до 1304 година од страна на Теодора Дукина, вдовица на Михаил VIII Палеолог, била изградена уште една црква посветена на Свети Јован Крстител[5]. Во манастирот биле погребани неколку членови од династијата Палеолози, како синот на Михаил VIII Константин, Ирина Монфератска и Андроник II[4]. Во овој период, најверојатно манастирот бил дом за околу 50-тина монахини[6][7]. Во текот на 14 век бил направен нартексот на црквата[8], додека обичаите за погребување на царските членови на империјата продолжила и во 15 век, каде била погребани Ана, првата сопруга на императорот Јован VIII Палеолог[9][10] The church was possibly used as a cemetery also after 1453.[9].
Во 1497-1498 година, набргу по падот на градот и за време на владеењето на султанот Бајазид II (1481-1512), јужната црква била претворена во џамија, каде било изградено и едно минаре и михраб од страна на великодостојникот Фенаризаде Алаедин Али бен Јусуф Ефенди[11]. Бидејќи еден од главните проповедници на медресата се викал Иса, неговото име било додадено во името на џамијата. Џамијата изгорела во 1633 година и повторно била обновена во 1636 година. Во овој период Северната црква била претворена во теке, мозаиците биле отстранети и двете куполи реновирени. По пожарот во 1782 година комплексот бил повторно обновен во 1847-1848. По поредниот пожар од 1920 година храмот бил напуштен. За време на ископувањата извршени во 1929 година, дваесет и два саркофази биле пронајдени. Комплексот бил темелно обновен меѓу 1970-тите и 1980-тите и оттогаш повторно служи како џамија.
↑This toponym has a Persian etymology ("Merd-il-sachra"), and is composed of the two Persian words Merdo (meaning "man"), and sachra (meaning "solitude"): "Man of solitude". Janin (1964), p. 361.
↑"This church was added to the thirty five ones dedicated to this Saint, which existed in Constantinople in the tenth century!" Krautheimer (1986), p. 436