Во текот на борбата за независност (1991-1995), градот беше тешко нападнат од ЈНА и српските паравоени сили. Иако невооружени, новонастанатата хрватска армија и граѓаните на Шибеник добро го бранеа градот. Битката траеше 6 дена, често нарекувана Септемвриска битка. Бомбардирањето оштети многу згради и споменици, вклучувајќи ја катедралата Св. Јован и театарот од 1870 г.
Во августовската воена операција во 1995 г., хрватската армија ги победи српските сили и ги ослободи окупираните подрачја, што помогна регионот да се опорави од војната и да продолжи да се развива како голем центар. Оттогаш, оштетените подрачја на градот се обновуваа за да градот го добие стариот лик.