Стојковиќ долго време бил капитен на репрезентацијата на СР Југославија и на екипата на Црвена Ѕвезда од Белград.[1] Се смета за еден од најдобрите фудбалери во Југословенската и Српската историја. Бил учесник на две Светски првенства, во Италија 1990 година и во Франција 1998 година. На Мундијалот во Италија, тој бил избран во најдобриот тим на првенството, таканаречениот Ол-стар тим. Осум години подоцна, тој бил капитен на СР Југославија на Светкото првенство во Франција, каде што неговата репрезентација била поразена од Холандија во осминафиналето.
Тој е еден од петте фудбалери на Црвена Ѕвезда, кој е награден со титулата Ѕвездина ѕвезда. Тој изјавил дека смета оти не го покажал целиот свој потенцијал во Европа[2] поради повредата која го спречила да се етаблира во Марсеј, тогаш еден од најсилните клубови во Европа. И покрај тоа, постои консензус меѓу критичарите дека тој ги покажал извонредните способности во текот на кариерата и покрај хроничните повреди, во најреномираната лига во Јапонија.[3][4]
По завршувањето на играчката кариера, Стојковиќ останал во Јапонија, каде ја започнал својата тренерска кариера во клубот за кој последно настапувал Нагоја Грампус. Тој го водел овој клуб до 2013 година, а потоа пет години бил тренер и на кинескиот клуб Гвангжу Р&Ф во периодот 2015-2020. На 3 март 2021, бил назначен за селектор на Србија.[5][6]
.svg){kind=small}
Југославија.svg){kind=small}
СР Југославија (1992-2003)
Србија (од 2006)
Црвена ѕвезда
Олимпик Марсеј
Верона
Нагоја Грампус
Гвангжу Р&Ф
