За разлика од неговите двајца претходници, пред пристапувањето на престолот не бил затворен во никаква ќелија на Топкапи-сарај, и живеел во Одрин, каде уживал релативна слобода. Во раните години на неговото владеење се обидувал да го скрши неуспехот на турската војна против “Светата лига”. Во 1696 лично ја предводел армијата на Балканот, и поради бројната супериорност во однос на Австријците имал некои успеси. Следната година, 1697 , турската армија под команда на големиот везир Мехмед Паша Елмас била поразена од империјалните сили на Евгениј Савојски во Битката кај Сента. Во 1696, руската војска го зазела Азов.
По војната, Мустафа живеел претежно во Одрин, каде што се занимавал со лов. Во август 1703 година, против него во Цариград, започнало востание, а на бунтовниците се приклучил дел од јаничарите. Бунтовниците организирале поход на Одрин. Во борбата на бунтовниците со владините трупи, вториве прешле на бунтовничката страна, а потоа Мустафа абдицирал во корист на неговиот брат Ахмед III. По четири месеци поранешниот султан умрел (можно е да бил отруен).
↑Baker, Anthony E (1993). The Bosphorus. Redhouse Press. стр. 146. ISBN9754130620. The Valide Sultan was born Evmania Voria, daughter of a Greek priest in a village near Rethymnon on Crete. She was captured by the Turks when they took Rethymnon in 1645.
↑Freely, John (2001). The lost Messiah. Viking. стр. 132. ISBN0670886750. He set up his harem there, his favourite being Rabia Giilniis Ummetiillah, a Greek girl from Rethymnon on Crete
↑Palmer, Alan (2009). The decline and fall of the Ottoman Empire. Barnes & Noble. стр. 27. ISBN156619847X. Unusually, the twenty-nine year old Ahmed III was a brother, rather than a half- brother, of his predecessor; their Cretan mother, Rabia
↑Bromley, J. S. (1957). The New Cambridge Modern History. University of California: University Press. стр. 554. ISBN0521221285. the mother of Mustafa II and Ahmed III was a Cretan
↑Sardo, Eugenio Lo (1999). Tra greci e turchi: fonti diplomatiche italiane sul Settecento ottomano. Consiglio nazionale delle ricerche. стр. 82. ISBN88-8080-014-0. Their mother, a Cretan, lady named Rabia Gulnus, continued to wield influence as the Walide Sultan - mother of the reigning sultan
↑Library Information and Research Service (2005). The Middle East. Library Information and Research Service. стр. 91. She was the daughter of a Cretan (Greek) family and she was the mother of Mustafa II (1664-1703), and Ahmed III (1673-1736).