Хемиска структура на пирофосфат (A, горе) и бисфосфонат (B, долу). P = фосфор, O = кислород, H = водород, C = јаглерод, R = страничен синџир. Кај бисфосфонатите, централниот кислороден атом е заменет со јаглероден атом. Сите бисфосфонати имаат заедничка структура фосфор-јаглерод-фосфор со два странични синџири (R1 и R2 на сликата). Страничниот синџир R2 ги одредува хемиските особини на лекот, и ги разликува поединечните бисфосфонати. Ваквата хемиска структура овозможува висок афинитет за калциум хидроксиапатитот, овозможувајќи брзо и специфично насочување кон скелетот.
Бисфосфонатите се класа на лекови кои кои го превенираат губитокот на коскена маса, и се користат во третманот на остеопороза и слични заболувања. Тие се најчесто препишуваните лекови кои се користат во третманот на остеопороза. Се нарекуваат бисфосфонати бидејќи во својата структура содржат две фосфонатни (PO(OH)2) групи.
