ФК Скопје бил оформен во 1960 година, со соединување на двата скопски клуба, попознатиот ФК Металец и ФК Индустријалец. Со тоа настанува ФК МИК (Металска Индустрија Кале), кој подоцна се преименувал во ФК Скопје. Како ФК МИК две сезони настапувал во Втората југословенска лига - Исток (во која играле клубови од Македонија, Србија и Црна Гора), а во првата сезона го освоил 6-тото место. ФК Скопје бил член и на Првата македонска фудбалска лига, во која играл четири сезони, сезоните 1997/98, 1998/99 и 2010/11, 2022/23
