Chloroflexi (колено на бактерии)

Од Википедија — слободната енциклопедија
Прејди на: содржини, барај
Chloroflexi
Научна класификација
Домен: Bacteria
Колено: Chloroflexi
(Garrity and Holt 2002) Hugenholtz and Stackebrandt 2004
Класи
Синоними
  • "Chlorobacteria" Cavalier-Smith, 1992
  • Chloroflexaeota Oren et al. 2015
  • Thermomicrobaeota Oren et al. 2015

Chloroflexi (Chlorobacteria) е колено на бактерии во кои спаѓаат различни фенотипски форми, вклучително членови кои можат да бидат аеробни термофили; аноксигени фототрофи (зелените несулфурни бактерии); и анаеробни халореспиратори кои користат халогенирани јаглеводороди како акцептори на електрони.

Додека повеќето бактерии, во смисла на диверзитет, се дидермални и се бојат Грам негативно, со исклучок на Firmicutes (ниска CG соржина, Грам-позитивни), Actinobacteria (висока CG содржина, Грам-позитивни) и групата Deinococcus–Thermus (Грам-позитивни, но дидермални, со дебел пептидогликански слој), членовите на коленото Chloroflexi се монодермални, но најчесто се бојат Грам негативно.[1]

Историја[уреди | уреди извор]

Името на таксонот е множина од името на видот Chloroflexus, а за првпат било објавено во Бергејовиот прирачник за систематска бактериологија.[2]

Во 1987 година, Карл Воуз, кој се смета како основоположник на молекуларната филогенетика, ги поделил бактериите во 11 групи врз основа на секвенци на 16S рибозомалната РНК а родовите Chloroflexus, Herpetosiphon и Thermomicrobium ги групирал во "Зелени не-сулфурни бактерии и сродници",[3][4] која група привремено била преименувана во "Chloroflexi" во Бергејовиот прирачник за систематска бактериологија.

Бидејќи станува збор за длабоко разгранувачко колено, иницијално било класифицирано како класа со истото име - Chloroflexi. Сепак, од 2001 година наваму воведени се нови класи во класификацијата благодарение на новооткриени видови, па затоа во моментов коленото Chloroflexi е поделено на:[5]

  • Chloroflexi Gupta et al. 2012
  • Thermomicrobia Hugenholtz & Stackebrandt, 2004
  • "Dehalococcoidetes" Hugenholtz & Stackebrandt, 2004
  • Anaerolineae Yamada et al., 2006
  • Caldilineae Yamada et al., 2006
  • Ktedonobacteria Cavaletti et al., 2007 emend. Yabe et al., 2010

Во однос на класата "Dehalococcoidetes", името било дадено од страна на Hugenholtz и Stackebrandt, 2004,[6] според видот "Dehalococcoides ethenogenes" делумно опишан во 1997 година,[7] додека првиот потполно опишан вид бил Dehalogenimonas lykanthroporepellens од страна на Moe и соработниците, 2009,[8] , но во описот на тој вид припадноста кон одредена класа, ред или фамилија не бил одреден бидејќи двата вида споделуваат само 90% идентичност во 16S РНК секвенците, што значи дека би можеле да припаѓаат во сосема различни фамилии па дури и редови.[8]

Најновите филогенетски анализи на коленото Chloroflexi покажуваат многу слаба поддршка за групирањето на неговите составни класи во едно заедничко колено.[9] Шестте класи кои моментално го сочинуваат ова колено не формираат добро поддржан монофилетичен клад во филогенетските дрва базирани на скратени протеински секвенци од големите бази на податоци и не биле идентификувани Conserved signature inserts and deletions (CSIs) уникатно споделувани во рамките на целото колено. Сепак, класите "Chloroflexi" и Thermomicrobia доследно се групирале заедно при употреба и на обичните филогенетски анализи и со идентификација на Conserved signature inserts and deletions (CSIs) во 50С рибозомалниот протеин L19 и ензимот UDP-гликоза 4-епимераза. Се претпоставува дека коленото Chloroflexi "sensu stricto" треба да ги содржи само класите Chloroflexi и Thermomicrobia, додека останатите четири класи ("Dehalococcoidetes," Anaerolineae, Caldilineae и Ktedonobacteria) може да претставуваат едно или повеќе независни колена кои во филогенетското дрво се разгрануваат близу до коленото Chloroflexi.

Филогенија[уреди | уреди извор]

Моментално прифатената таксономија е врз основа на Листата на прокариотски имиња со евиденција во номенклатурата (LPSN)[10] и Националниот Центар за Биотехнолошки информации (NCBI)[11] и филогенијата е основана на 16S rRNA-заснованото LTP издание 123 од проектот 'The All-Species Living Tree'.[12]





Thermoflexus hugenholtzii Dodsworth et al. 2014



Dehalococcoidaceae

Dehalococcoides Löffler et al. 2013


Dehalogenimonas

D. alkenigignens Bowman et al. 2013



D. lykanthroporepellens Moe et al. 2009 (type sp.)







Caldilineaceae

Litorilinea aerophila Kale et al. 2013


Caldilinea

C. aerophila Sekiguchi et al. 2003 (type sp.)



C. tarbellica Grégoire et al. 2011





Ardenticatenaceae

Ardenticatena maritima Kawaichi et al. 2013


Anaerolineaceae

Thermomarinilinea lacunifontana Nunoura et al. 2013



Anaerolinea

A. thermolimosa Yamada et al. 2006



A. thermophila Sekiguchi et al. 2003 (type sp.)





Ornatilinea apprima Podosokorskaya et al. 2013




Pelolinea submarina Imachi et al. 2014





Bellilinea caldifistulae Yamada et al. 2007



Levilinea saccharolytica Yamada et al. 2006





Leptolinea tardivitalis Yamada et al. 2006



Longilinea arvoryzaeYamada et al. 2007












Ktedonobacteria
Ktedonobacteriales

Ktedonobacter racemifer corrig. Cavaletti et al. 2007



Thermosporothrix hazakensis Yabe et al. 2010



Thermogemmatispora

T. foliorum Yabe et al. 2011




T. carboxidivorans King & King 2014



T. onikobensis Yabe et al. 2011 (type sp.)






Thermomicrobia
Sphaerobacteraceae

Nitrolancea hollandica Sorokin et al. 2014



Sphaerobacter thermophilus Demharter et al. 1989



Thermomicrobiaceae

Thermorudis peleae King & King 2014


Thermomicrobium

T. carboxidum King & King 2014



T. roseum Jackson et al. 1973





Chloroflexia
Herpetosiphon

H. aurantiacus Holt & Lewin 1968



H. geysericola Lewin 1970




Kallotenuaceae

Kallotenue papyrolyticum Cole et al. 2013


Chloroflexales
Roseiflexaceae

Roseiflexus castenholzii Hanada et al. 2002


Chloroflexus

C. aggregans Hanada et al. 1995



C. aurantiacus Pierson & Castenholz 1974









Забелешки:

♠ Видови кои се наоѓаат во Националниот Центар за Биотехнолошки Информации (NCBI), но не се наведени во Листата на прокариотски имиња со евиденција во Номенклатура (LSPN).

Прокариоти каде што не се изолирани чисти култури или не се достапни, т.е. не се култивирани или не може да се одржат во културата.

Таксономија[уреди | уреди извор]

Род "Kouleothrix" ♠  Kohno et al. 2002

Род "Candidatus Chlorothrix" Klappenbach & Pierson 2004[13]

Класа Thermoflexia Dodsworth et al. 2014

Класа Dehalococcoidia Löffler et al. 2013

Класа Anaerolineae Yamada et al. 2006

Класа Ardenticatenia Kawaichi et al. 2013

Класа Caldilineae Yamada et al. 2006

Класа Ktedonobacteria Cavaletti et al. 2007 emend. Yabe et al. 2010

Класа Thermomicrobia Garrity and Holt 2002 emend. Hugenholtz and Stackebrandt 2004

Класа Chloroflexia Gupta et al. 2013

Етимологија[уреди | уреди извор]

Името "Chloroflexi" е неолатински номинатив машки род множина од "Chloroflexus", кое е името на првиот опишан род. Именката е комбинација од грчката придавка chloros, -, (χλωρός, -ά, -όν)[34] што значи "зеленикаво-жолта" и латинскиот пасив перфект партиципл од машки род flexus (од flecto)[35] што значи "искривен" што дава "зелено свиткување". Треба да се напомене дека етимологија не е изведена од елементот хлор. Друго колено со ист корен е Chlorobi, а Cyanobacteria има корен cyanos (κύανος) што значи "сино-зелени".[36]

Наводи[уреди | уреди извор]

  1. Sutcliffe, Iain C. (1 октомври 2010 г). A phylum level perspective on bacterial cell envelope architecture (на English). „Trends in Microbiology“ том  18 (10): 464–470. doi:10.1016/j.tim.2010.06.005. ISSN 0966-842X. http://www.cell.com/trends/microbiology/fulltext/S0966-842X(10)00105-8. 
  2. Don J. Brenner; Noel R. Krieg; James T. Staley (July 26, 2005) [1984(Williams & Wilkins)]. George M. Garrity. уред. Introductory Essays. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. 2A (2nd издание). New York: Springer. стр. 304. British Library no. GBA561951. ISBN 978-0-387-24143-2. https://www.springer.com/life+sciences/book/978-0-387-24143-2. 
  3. Holland L. (22 мај 1990 г). Woese,Carl in the forefront of bacterial evolution revolution. „scientist“ том  4 (10). 
  4. Woese, C. R.. Bacterial evolution. „Microbiological Reviews“ том  51 (2): 221–271. PMID 2439888. 
  5. EUZéBY, J. P. (1997 г). List of Bacterial Names with Standing in Nomenclature: a Folder Available on the Internet. „International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology“ том  47 (2): 590–592. doi:10.1099/00207713-47-2-590. http://ijs.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/00207713-47-2-590. 
  6. Hugenholtz, P.; Stackebrandt, E.. Reclassification of Sphaerobacter thermophilus from the subclass Sphaerobacteridae in the phylum Actinobacteria to the class Thermomicrobia (emended description) in the phylum Chloroflexi (emended description). „International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology“ том  54 (6): 2049–2051. doi:10.1099/ijs.0.03028-0. PMID 15545432. 
  7. Maymo-Gatell, X.; Chien, Y.; Gossett, J. M.; Zinder, S. H.. Isolation of a Bacterium That Reductively Dechlorinates Tetrachloroethene to Ethene. „Science“ том  276 (5318): 1568–1571. doi:10.1126/science.276.5318.1568. PMID 9171062. 
  8. 8,0 8,1 Moe, William M.; Yan, Jun; Nobre, M. Fernanda; da Costa, Milton S.; Rainey, Fred A. (2009 г). Dehalogenimonas lykanthroporepellens gen. nov., sp. nov., a reductively dehalogenating bacterium isolated from chlorinated solvent-contaminated groundwater. „International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology“ том  59 (11): 2692–2697. doi:10.1099/ijs.0.011502-0. http://ijs.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijs.0.011502-0. 
  9. Gupta, R. S.; Chander, P.; George, S.. Phylogenetic framework and molecular signatures for the class Chloroflexi and its different clades; proposal for division of the class Chloroflexi class. Nov. Into the suborder Chloroflexineae subord. Nov., consisting of the emended family Oscillochloridaceae and the family Chloroflexaceae fam. Nov., and the suborder Roseiflexineae subord. Nov., containing the family Roseiflexaceae fam. Nov. „Antonie van Leeuwenhoek“ том  103 (1): 99–119. doi:10.1007/s10482-012-9790-3. PMID 22903492. 
  10. J.P. Euzéby. „Chloroflexi“. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). архивирано од оригиналот на 16 јуни 2013. https://web.archive.org/web/20130616035835/http://www.bacterio.cict.fr/classifphyla.html. посет. 20 март 2014 г. 
  11. Sayers. „Chloroflexi“. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Undef&id=200795&lvl=6&lin. посет. 20 март 2014 г. 
  12. 'The All-Species Living Tree' Project.„16S rRNA-based LTP release 123 (full tree)“. Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. https://www.arb-silva.de/fileadmin/silva_databases/living_tree/LTP_release_123/LTPs123_SSU_tree.pdf. посет. 20 март 2016 г. 
  13. Klappenbach, J. A.; Pierson, B. K.. Phylogenetic and physiological characterization of a filamentous anoxygenic photoautotrophic bacterium 'Candidatus Chlorothrix halophila' Gen. Nov., sp. Nov., recovered from hypersaline microbial mats. „Archives of Microbiology“ том  181 (1): 17–25. doi:10.1007/s00203-003-0615-7. PMID 14655000. 
  14. Grégoire, P.; Fardeau, M. L.; Joseph, M.; Guasco, S.; Hamaide, F.; Biasutti, S.; Michotey, V. R.; Bonin, P.; и др.. Isolation and characterization of Thermanaerothrix daxensis gen. nov., sp. nov., a thermophilic anaerobic bacterium pertaining to the phylum "Chloroflexi", isolated from a deep hot aquifer in the Aquitaine Basin. „Systematic and Applied Microbiology“ том  34 (7): 494–497. doi:10.1016/j.syapm.2011.02.004. PMID 21621938. 
  15. 15,0 15,1 15,2 Yamada, T.; Sekiguchi, Y.; Hanada, S.; Imachi, H.; Ohashi, A.; Harada, H.; Kamagata, Y.. 'Anaerolinea thermolimosa sp. nov., Levilinea saccharolytica gen. nov., sp. nov. And Leptolinea tardivitalis gen. nov., sp. nov., novel filamentous anaerobes, and description of the new classes Anaerolineae classis nov. And Caldilineae classis nov. In the bacterial phylum Chloroflexi. „International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology“ том  56 (6): 1331–1340. doi:10.1099/ijs.0.64169-0. PMID 16738111. 
  16. Sekiguchi, Yuji; Yamada, Takeshi; Hanada, Satoshi; Ohashi, Akiyoshi; Harada, Hideki; Kamagata, Yoichi (2003 г). Anaerolinea thermophila gen. nov., sp. nov. and Caldilinea aerophila gen. nov., sp. nov., novel filamentous thermophiles that represent a previously uncultured lineage of the domain Bacteria at the subphylum level. „International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology“ том  53 (6): 1843–1851. doi:10.1099/ijs.0.02699-0. http://ijs.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijs.0.02699-0. 
  17. 17,0 17,1 Yamada, Takeshi; Imachi, Hiroyuki; Ohashi, Akiyoshi; Harada, Hideki; Hanada, Satoshi; Kamagata, Yoichi; Sekiguchi, Yuji (2007 г). Bellilinea caldifistulae gen. nov., sp. nov. and Longilinea arvoryzae gen. nov., sp. nov., strictly anaerobic, filamentous bacteria of the phylum Chloroflexi isolated from methanogenic propionate-degrading consortia. „International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology“ том  57 (10): 2299–2306. doi:10.1099/ijs.0.65098-0. http://ijs.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijs.0.65098-0. 
  18. Sekiguchi, Y.; Yamada, T.; Hanada, S.; Ohashi, A.; Harada, H.; Kamagata, Y.. 'Anaerolinea thermophila gen. nov., sp. nov. And Caldilinea aerophila gen. nov., sp. nov., novel filamentous thermophiles that represent a previously uncultured lineage of the domain Bacteria at the subphylum level. „International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology“ том  53 (6): 1843–1851. doi:10.1099/ijs.0.02699-0. PMID 14657113. 
  19. Grégoire, Patrick; Bohli, Malek; Cayol, Jean-Luc; Joseph, Manon; Guasco, Sophie; Dubourg, Karine; Cambar, Jean; Michotey, Valérie; и др. (2011 г). Caldilinea tarbellica sp. nov., a filamentous, thermophilic, anaerobic bacterium isolated from a deep hot aquifer in the Aquitaine Basin. „International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology“ том  61 (6): 1436–1441. doi:10.1099/ijs.0.025676-0. http://ijs.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijs.0.025676-0. 
  20. Yabe, S.; Aiba, Y.; Sakai, Y.; Hazaka, M.; Yokota, A.. 'Thermogemmatispora onikobensis gen. nov., sp. nov. And Thermogemmatispora foliorum sp. nov., isolated from fallen leaves on geothermal soils, and description of Thermogemmatisporaceae fam. Nov. And Thermogemmatisporales ord. Nov. Within the class Ktedonobacteria. „International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology“ том  61 (4): 903–910. doi:10.1099/ijs.0.024877-0. PMID 20495028. 
  21. Cavaletti, Linda; Monciardini, Paolo; Bamonte, Ruggiero; Schumann, Peter; Rohde, Manfred; Sosio, Margherita; Donadio, Stefano (1 јуни 2006 г). New Lineage of Filamentous, Spore-Forming, Gram-Positive Bacteria from Soil (на en). „Applied and Environmental Microbiology“ том  72 (6): 4360–4369. doi:10.1128/AEM.00132-06. ISSN 0099-2240. PMID 16751552. http://aem.asm.org/content/72/6/4360. 
  22. Yabe, Shuhei; Aiba, Yoshifumi; Sakai, Yasuteru; Hazaka, Masaru; Yokota, Akira (2010 г). Thermosporothrix hazakensis gen. nov., sp. nov., isolated from compost, description of Thermosporotrichaceae fam. nov. within the class Ktedonobacteria Cavaletti et al. 2007 and emended description of the class Ktedonobacteria. „International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology“ том  60 (8): 1794–1801. doi:10.1099/ijs.0.018069-0. http://ijs.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijs.0.018069-0. 
  23. Botero, L. M.; Brown, K. B.; Brumefield, S.; Burr, M.; Castenholz, R. W.; Young, M.; McDermott, T. R.. 'Thermobaculum terrenum gen. nov., sp. nov.: A non-phototrophic gram-positive thermophile representing an environmental clone group related to the Chloroflexi (green non-sulfur bacteria) and Thermomicrobia. „Archives of Microbiology“ том  181 (4): 269–277. doi:10.1007/s00203-004-0647-7. PMID 14745485. 
  24. Demharter, W.; Hensel, R.; Smida, J.; Stackebrandt, E.. 'Sphaerobacter thermophilus gen. nov., sp. nov. A Deeply Rooting Member of the Actinomycetes Subdivision Isolated from Thermophilically Treated Sewage Sludge. „Systematic and Applied Microbiology“ том  11 (3): 261–266. doi:10.1016/S0723-2020(89)80023-2. 
  25. Jackson, T. J.; Ramaley, R. F.; Meinschein, W. G.. Thermomicrobium, a New Genus of Extremely Thermophilic Bacteria. „International Journal of Systematic Bacteriology“ том  23: 28–36. doi:10.1099/00207713-23-1-28. 
  26. Holt, J. G.; Lewin, R. A.. Herpetosiphon aurantiacus gen. Et sp. N., a new filamentous gliding organism. „Journal of Bacteriology“ том  95 (6): 2407–2408. PMID 5669912. 
  27. Copeland, J. J.. Yellowstone Thermal Myxophyceae. „Annals of the New York Academy of Sciences“ том  36: 4–223. doi:10.1111/j.1749-6632.1936.tb56976.x. 
  28. Lewin, R. A.. New Herpetosiphon species (Flexibacterales). „Canadian Journal of Microbiology“ том  16 (6): 517–520. doi:10.1139/m70-087. PMID 5423287. 
  29. Wu, Q.; Watts, J. E. M.; Sowers, K. R.; May, H. D.. Identification of a Bacterium That Specifically Catalyzes the Reductive Dechlorination of Polychlorinated Biphenyls with Doubly Flanked Chlorines. „Applied and Environmental Microbiology“ том  68 (2): 807–812. doi:10.1128/AEM.68.2.807-812.2002. PMID 11823222. 
  30. Pierson, B. K.; Giovannoni, S. J.; Stahl, D. A.; Castenholz, R. W.. Heliothrix oregonensis, gen. Nov., sp. Nov., a phototrophic filamentous gliding bacterium containing bacteriochlorophyll a. „Archives of Microbiology“ том  142 (2): 164–167. doi:10.1007/BF00447061. PMID 2412519. 
  31. Hanada, S.; Takaichi, S.; Matsuura, K.; Nakamura, K.. 'Roseiflexus castenholzii gen. nov., sp. nov., a thermophilic, filamentous, photosynthetic bacterium that lacks chlorosomes. „International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology“ том  52 (Pt 1): 187–193. doi:10.1099/00207713-52-1-187. PMID 11837302. 
  32. Hanada, S.; Hiraishi, A.; Shimada, K.; Matsuura, K.. 'Chloroflexus aggregans sp. nov., a Filamentous Phototrophic Bacterium Which Forms Dense Cell Aggregates by Active Gliding Movement. „International Journal of Systematic Bacteriology“ том  45 (4): 676–681. doi:10.1099/00207713-45-4-676. PMID 7547286. 
  33. Pierson, B. K.; Castenholz, R. W.. A phototrophic gliding filamentous bacterium of hot springs, Chloroflexus aurantiacus, gen. And sp. Nov. „Archives of Microbiology“ том  100 (1): 5–24. doi:10.1007/BF00446302. PMID 4374148. 
  34. χλωρός. Henry George Liddell, Robert Scott. A Greek-English Lexicon - Perseus Project
  35. Lewis & Short...
  36. κύανος. Henry George Liddell, Robert Scott. A Greek-English Lexicon - Perseus Project