Зелени несулфурни бактерии

Од Википедија — слободната енциклопедија
Прејди на прегледникот Прејди на пребарувањето
Зелени несулфурни бактерии
Научна класификација
Домен: Bacteria
Колено: Chloroflexi
Класа: Chloroflexia
Редови и подредови

Herpetosiphonales

Chloroflexales

  • Chloroflexineae
  • Roseiflexinae

Зелените несулфурни бактерии (Chloroflexia) се една од шестте класи на бактерии во коленото Chloroflexi, кои се исто така познати како филаментозни аноксигени фототрофи. Тие произведуваат енергија од светлината и се именувани според зелениот пигмент бактериохлорофил с кој се наоѓа во посебни фотосинтетски тела наречени хлорозоми.

Зелените несулфурни бактерии се обично филаментозни, и може да се движат со помош на бактериско лизгање. Тие се факултативни аероби, но не произведуваат кислород во процесот на фототрофија како цијанобактериите. Овие бактерии се фотохетеротрофи и не се вистински фотосинтетски бактерии.

Додека повеќето бактерии, во смисла на разновидност, се дидермални и се бојат Грам-негативно (со исклучок на Firmicutes, Actinobacteria и Deinococcus-Thermus, кои се Грам-позитивни), членовите на коленото Chloroflexi се монодермални и најчесто се бојат Грам-негативно.[1][2][3]

Таксономија и молекуларни обележја[уреди | уреди извор]

Класата Chloroflexia е група на длабоко разгранувачки фототрофни бактерии (со исклучок на видовите на Herpetosiphon и Kallotenue), која опфаќа три реда: Chloroflexales, Herpetosiphonales, и Kallotenuales.[4][5][6][7][8] Редовите Herpetosiphonales и Kallotenuales содржат по една фамилија и по еден род: Herpetosiphonaceae (Herpetosiphon) и Kallotenuaceae (Kallotenue), соодветно; додека Chloroflexales се филогенетски поразнообразни.

Компаративните геномски анализи неодамна ја имаат ажурирано таксономијата на класата Chloroflexia, делејќи го редот Chloroflexales во подредот Chloroflexineae кој ги содржи фамилиитеOscillachloridaceaeи Chloroflexaceaeи подредотRoseiflexineaeкој ја содржи фамилијатаRoseiflexaceae. Ревидираната таксономија беше заснована на идентификација на бројни CSIs (анг. сonserved signature inserts and deletions) кои претставуваат ефикасни молекуларни маркери за одредување на заедничко потекло.[9][10][11][12] Дополнителна поддршка за поделбата на Chloroflexales во двата подреда се разликите во физиолошките карактеристики, каде што секој подред има различен профил на каротеноиден, хинонски, и масно киселиниски состав.[13][14] Во прилог на демаркирање на таксономската припадност, CSIs може да играат улога во специфичните карактеристики на членовите во рамките на одреден таксон. На пример, сегмент од четири аминокиселини во ензимот пируват флаводоксин/фередоксин оксидоредуктаза, протеин кој игра важна улога во фотосинтетските организми, најден е исклучиво кај членовите на родот Chloroflexus, и се смета дека игра значајна функционална улога.[15][16] Со користењето на CSIs дополнителна истрага е направена за демаркација на филогенетската позиција на Chloroflexia во однос на соседните фотосинтетски групи како што е Cyanobacteria. [17] Најдено е дека Chloroflexia и Chlorobi споделуваат CSI, а се толкува дека настанал како резултат на хоризонтален трансфер на гени.[18]

Таксономија[уреди | уреди извор]

Ова е моментално прифатената таксономија на зелените несулфурни бактерии:[19]

  • Ред Chloroflexales
    • Подред Chloroflexineae
      • Фамилија Chloroflexaceae Trüper 1976 emend. Gupta et al. 2013
        • Род Chloroflexus Pierson and Castenholz 1974
          • C. aggregans Hanada et al. 1995
          • C. aurantiacus Pierson and Castenholz 1974
      •   Фамилија Oscillochloridaceae Keppen 2000 emend. Gupta et al. 2013
        • Род Oscillochloris Gorlenko and Pivovarova 1989 emend. Keppen et al. 2000
          • O. chrysea Gorlenko and Pivovarova 1989
          • O. trichoides (ex Szafer) Gorlenko and Korotkov 1989 emend. Keppen et al. 2000
        • Род Chloronema Dubinina and Gorlenko 1975
          • Chloronema giganteum Dubinina and Gorlenko 1975
    • Подред Roseiflexineae
      • Фамилија Roseiflexaceae Gupta et al. 2013
        • Род Roseiflexus Hanada et al. 2002
          • Roseiflexus castenholzii Hanada et al. 2002
        • Род Heliothrix Pierson et al. 1986
          • Heliothrix oregonensis Pierson et al. 1986
  • Ред "Herpetosiphonales"
    • Фамилија "Herpetosiphonaceae"
      • Род Herpetosiphon Холт and Lewin 1968
        • H. aurantiacus Холт and Lewin 1968
        • H. geysericola (Copeland 1936) Lewin 1970

Дополнително, "Kouleothrix aurantiaca" и "Dehalobium chlorocoercia" не се целосно опишани.

Етимологија[уреди | уреди извор]

Името "Chloroflexi" е неолатински множина од "Chloroflexus", што е името на првиот опишан род. Именката е комбинација од грчкиот збор chloros (χλωρός)[20] што значи "зеленикаво-жолт" и латинскиот flexus (од flecto)[21] што значи "виткање", со значење "зелено свиткување".[22] Името нема врска со хемискиот елемент хлор.

Наводи[уреди | уреди извор]

  1. Sutcliffe, I. C.. A phylum level perspective on bacterial cell envelope architecture. „Trends in Microbiology“ том  18 (10): 464–470. doi:10.1016/j.tim.2010.06.005. PMID 20637628. 
  2. Comparative proteome analysis of Acidaminococcus intestini supports a relationship between outer membrane biogenesis in Negativicutes and Proteobacteria. „Arch Microbiol“ том  196 (4): 307-310. doi:10.1007/s00203-014-0964-4. PMID 24535491. https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00203-014-0964-4. 
  3. Evolutionary relationships among photosynthetic bacteria. „Photosynth Res“ том  76 (1-3): 173-183. 2003 г. doi:10.1023/A:1024999314839. PMID 16228576. http://ovidsp.ovid.com/ovidweb.cgi?T=JS&PAGE=linkout&SEARCH=16228576.ui. 
  4. Phylogenetic framework and molecular signatures for the class Chloroflexia and its different clades; proposal for division of the class Chloroflexia class. nov. [corrected into the suborder Chloroflexineae subord. nov., consisting of the emended family Oscillochloridaceae and the family Chloroflexaceae fam. nov., and the suborder Roseiflexineae subord. nov., containing the family Roseiflexaceae fam. nov.]. „Antonie Van Leeuwenhoek“ том  103 (1): 99-119. 2013 г. doi:10.1007/s10482-012-9790-3. PMID 22903492. https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs10482-012-9790-3. 
  5. Kallotenue papyrolyticum gen. nov., sp. nov., a cellulolytic and filamentous thermophile that represents a novel lineage (Kallotenuales ord. nov., Kallotenuaceae fam. nov.) within the class Chloroflexia. „Int J Syst Evol Microbiol“ том  63 (Pt 12): 4675-82. 2013 г. doi:10.1099/ijs.0.053348-0. PMID 23950149. http://ijs.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijs.0.053348-0#tab2. 
  6. Evolutionary relationships among photosynthetic prokaryotes (Heliobacterium chlorum, Chloroflexus aurantiacus, cyanobacteria, Chlorobium tepidum and proteobacteria): implications regarding the origin of photosynthesis. „Mol Microbiol“ том  32 (5): 893–906. 1999 г. doi:10.1046/j.1365-2958.1999.01417.x. PMID 10361294. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1046/j.1365-2958.1999.01417.x/abstract;jsessionid=D4E2ED5CC5E97F6E20DE0A8D476BF3A1.f04t02. 
  7. Sayers и др. „Chloroflexia“. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. конс. 2016-10-25. 
  8. List of new names and new combinations previously effectively, but not validly, published. „Int. J. Syst. Evol. Microbiol.“ том  63: 1577-1580. 2013 г. doi:10.1099/ijs.0.052571-0. http://ijs.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijs.0.052571-0. 
  9. Impact of genomics on the understanding of microbial evolution and classification: the importance of Darwin's views on classification. „FEMS Microbiol Rev“ том  40 (4): 520-53. 2016 г. doi:10.1093/femsre/fuw011. PMID 27279642. http://femsre.oxfordjournals.org/content/early/2016/06/07/femsre.fuw011.abstract. 
  10. Gupta, R. S.. Protein phylogenies and signature sequences: A reappraisal of evolutionary relationships among archaebacteria, eubacteria, and eukaryotes. „Microbiology and molecular biology reviews : MMBR“ том  62 (4): 1435–1491. PMID 9841678. 
  11. Rokas, A.; Holland, P. W.. Rare genomic changes as a tool for phylogenetics. „Trends in Ecology & Evolution“ том  15 (11): 454–459. doi:10.1016/S0169-5347(00)01967-4. PMID 11050348. 
  12. Gupta, R. S.; Griffiths, E.. Critical issues in bacterial phylogeny. „Theoretical population biology“ том  61 (4): 423–434. doi:10.1006/tpbi.2002.1589. PMID 12167362. 
  13. Hanada S, Pierson BK (2006) The Family Chloroflexaceae. In: The prokaryotes: a handbook on the biology of bacteria, pp. 815-842. Eds Dworkin M, Falkow S, Rosenberg E, Schleifer KH, Stackebrandt E Springer-: New York.
  14. Pierson BK, Castenholz RW (1992) The Family Chloroflexaceae. In: The prokaryotes, pp. 3754-3775. Eds Balows A, Truper HG, Dworkin M, Harder W, Schleifer KH Springer-: New York.
  15. Molecular signatures for the main phyla of photosynthetic bacteria and their subgroups. „Photosynth Res“ том  104: 357-372. 2010 г. doi:10.1007/s11120-010-9553-9. PMID 20414806. https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11120-010-9553-9. 
  16. Stolz, F. M.; Hansmann, I.. An MspI RFLP detected by probe pFMS76 D20S23 isolated from a flow-sorted chromosome 20-specific DNA library. „Nucleic Acids Research“ том  18 (7): 1929. doi:10.1093/nar/18.7.1929. PMID 1692410. 
  17. Novel insights into the origin and diversification of photosynthesis based on analyses of conserved indels in the core reaction center proteins. „Photosynth Res“ том  Epub ahead of print. 2016 г. doi:10.1007/s11120-016-0307-1. PMID 27638319. https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11120-016-0307-1. 
  18. Origin and spread of photosynthesis based upon conserved sequence features in key bacteriochlorophyll biosynthesis proteins. „Mol Biol Evol“ том  29 (11): 3397-412. 2012 г. doi:10.1093/molbev/mss145. PMID 22628531. http://mbe.oxfordjournals.org/content/29/11/3397.long. 
  19. EUZéBY, J. P. (1997 г). List of Bacterial Names with Standing in Nomenclature: a Folder Available on the Internet. „International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology“ том  47 (2): 590–592. doi:10.1099/00207713-47-2-590. http://ijs.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/00207713-47-2-590. 
  20. χλωρός. Henry George Liddell, Robert Scott. A Greek-English Lexicon - Perseus Project
  21. Lewis, Charlton T. and Charles Short, A Latin Dictionary. Oxford: Clarendon Press, 1879. Online version at Perseus
  22. Don J. Brenner; Noel R. Krieg; James T. Staley (July 26, 2005) [1984(Williams & Wilkins)]. George M. Garrity. уред. Introductory Essays. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. 2A (2nd издание). New York: Springer. стр. 304. British Library no. GBA561951. ISBN 978-0-387-24143-2. https://www.springer.com/life+sciences/book/978-0-387-24143-2. 

Литература[уреди | уреди извор]

  • Garrity GM, Holt JG (2001). „Phylum BVI. Chloroflexi phy. nov“. D.R. Boone and R.W. Castenholz, eds.. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria (2nd издание). New York: Springer Verlag. стр. 169. ISBN 978-0-387-98771-2.