Во лизозомите се разградуваат материи што во клетката се наоѓаат како нерастворливи честички или во облик на цели капки. Ова настанува кога првичните вакуоли што се образуваат околу тие честички ќе се слеат со лизозомите и создаваат дигестивна вакуола. Материите добиени со внатреклеточното разградување навлегуваат во цитоплазмата и се користат од клетката. Во одредени услови, со лизозомите клетката ги разградува и сопствените, остарени или непотребни органели или натрупани резервни хранливи материи.