Хипоталамус е дел од меѓумозокот. Тој го гради подот од долната половина од бочниот ѕид на третата мозочна комора. Сраснат е за долниот крај од таламусот. На долната страна од хипоталамусот се наоѓа крстосницата на оптичките патишта, а до неа петелка на која виси задниот нервен дел од хипофизата.
Хипоталамусот има централна невроендокрина функција во организмот, најзначајна во контролата на предниот дел на хипофизата, која пак регулира голем број на ендокрини органи.
