DrugBank

Од Википедија — слободната енциклопедија
Прејди на прегледникот Прејди на пребарувањето
DrugBank
Drugbank logo.svg
Содржина
Описбаза на податоци (лекови/дрога)
Заведени видови податоциХемиски структури, лекови за мали молекули, биотехнолошки лекови, цели на лекови, транспортери на лекови, низа на наркотични лекови, СНП на лекови, метаболити на лекови, описи на лекови, здруженија на болести, дозирни податоци, интеракции со храна и лекови, несакани реакции на лекови, фармакологија, механизми на дејствување , метаболизам на лекови, хемиска синтеза, податоци за патенти и цени, хемиски својства, номенклатура, синоними, хемиска таксономија, спектар на лекови NMR, спектар на лекови GC-MS, спектар на лекови LC-MS
Контакт
Истражувачки центарУниверзитетот Алберта
ЛабораторијаДоктор Давид Висхарт
Пристап
Мреж. местоdrugbank.ca
URL за преземањеdrugbank.ca/downloads
Алатки
Разно

Базата на податоци „ DrugBank“ е сеопфатна, слободно достапна, интернет база на податоци што содржи информации за лекови и цели на одредени лекови. Исто како биоинформатичките и хеминформатичките ресурси, DrugBank комбинира податоци за детална лекови (односно хемискa, фармаколошкa и фармацевтскa) со сеопфатна цел на лековита (т.е. низа, структура и пат на крвоток) и информации за нејзината улога. DrugBank користела содржина од Википедија . Википедија, исто така, честопати се поврзува со DrugBank.

Најновото издание на базата на податоци (верзија 5.0) содржи 9591 записи за лекови вклучувајки 2037 ситно-молекуларни лекови одобрени од ФДА, 241лекови одобрени од ФДА кои се биотехнички (протеини / пептидни) , 96 нутриционистички лекови и над 6000 експериментални лекови. Покрај тоа, 4270 секвенци кои не се редундантни протеини (т.е. целни / ензими / транспортерни / носителни) секвенци се поврзани со овие записи на лекови. Секој запис на DrugCard содржи повеќе од 200 полиња со податоци со половина од информациите кои се посветени на податоците за лекови / хемикалии, а другата половина посветена на податоците за целта на лекот или податоци за протеините.

Четири дополнителни бази на податоци, HMDB, T3DB, SMPDB и FooDB се исто така дел од генералниот опфат на метаболички/хеминиформатски бази на податоци. HMDB содржи еквивалентни информации за повеќе од 40 000 човечки метаболити, T3DB содржи информации за 3100 вообичаени токсини и загадувачи на животната средина, SMPDB содржи дијаграми на патеки за скоро 700 човечки метаболички патеки и патеки на болести, додека FooDB содржи еквивалентни информации за 28,000 компоненти за храна и додатоци на храна .

Историја на верзиите[уреди | уреди извор]

Првата верзија на DrugBank беше објавена во 2006 година. Оваа рана објавена верзија содржеше релативно скромни информации за 841 ситно молекуларни лекови одобрени од ФДА и 113 биотехнолошки лекови. Исто така, вклучуваше 2133 информации за цели на лекови . Втората верзија на DrugBank беше објавена во 2009 година.[1] Оваа значително била проширена и подобрена верзија на базата на податоци која опфаќала 1344 одобрени лекови за ситни молекули и 123 лекови за биотехника, како и 3037 уникатни цели на лековите. Верзијата 2.0 исто така, за првпат вклучуваше повлечени лекови и недозволена лекови, широките интеракции на храна-лекови и лекови-лекови, како и параметрите ADMET (апсорпција, дистрибуција, метаболизам, екскреција и токсичност). Верзијата 3.0 беше објавена во 2011 година.[2] Оваа верзија содржи 1424 одобрени ситно молекуларни лекови и 132 биотехнолошки лекови, како и повеќе од 4000 уникатни цели за лекови. Верзијата 3.0 исто така вклучуваше податоци за транспортер на лекови, податоци за патека на лекови, цени на лековите, патенти и податоци за производство, како и податоци за повеќе од 5000 експериментални лекови. Верзијата 4.0 беше објавена во 2014 година.[3] Оваа верзија вклучуваше 1558 молекуларни лекови одобрени од ФДА, 155 лекови/лекови за биотехника и 4200 уникатни цели на одредени лекови. Верзијата 4.0 исто така опфати широки информации за метаболити на лекови(структури и реакции), таксономија на лекови, спектар на лекови, постојани врски со лекови и информации за синтеза на . Табела 1 дава поцелосно статистичко резиме на историјата и развојот на „DrugBank“.

Табела 1: споредби на опфатнина на различните верзии на DrugBank
Category 1.0 2.0 3.0 4.0
бр. на податочни полиња од DrugCard &1000000000000008800000088 &10000000000000108000000108 &10000000000000148000000148 &10000000000000208000000208
бр. на видови пребарувања &100000000000000080000008 &1000000000000001200000012 &1000000000000001600000016 &1000000000000001800000018
бр. на илустирани илоги на лекови &100000000000000000000000 &100000000000000000000000 &10000000000000168000000168 &10000000000000232000000232
бр. на лекови со метаболизирачки ензимски податоц &100000000000000000000000 &100000000000000000000000 &10000000000000762000000762 &100000000000010370000001.037
бр. на метаболити на лекови со структури &100000000000000000000000 &100000000000000000000000 &100000000000000000000000 &100000000000012390000001.239
бр. на реакции на метаболизам на лекови &100000000000000000000000 &100000000000000000000000 &100000000000000000000000 &100000000000013080000001.308
бр.на илустрирани патеки на метаболизам на лекови &100000000000000000000000 &100000000000000000000000 &100000000000000000000000 &1000000000000005300000053
бр. на лекови со податоци за транспортер на лекови &100000000000000000000000 &100000000000000000000000 &10000000000000516000000516 &10000000000000623000000623
бр. на лекови со информации за класификација на таксономијата &100000000000000000000000 &100000000000000000000000 &100000000000000000000000 &100000000000067130000006.713
бр. на ефекти на лекови поврзани со СНП &100000000000000000000000 &100000000000000000000000 &10000000000000113000000113 &10000000000000201000000201
бр. на лекови со податоци за патенти / цени / производител &100000000000000000000000 &100000000000000000000000 &100000000000012080000001.208 &100000000000014500000001.450
бр. на храна-лекови интеракции &100000000000000000000000 &10000000000000714000000714 &100000000000010390000001.039 &100000000000011800000001.180
бр. на лекови-лекови интеракции &100000000000000000000000 &1000000000000001324200013.242 &1000000000000001379499913.795 &1000000000000001415000014.150
бр. на параметрите ADMET (Caco-2, LogS) &100000000000000000000000 &10000000000000276000000276 &10000000000000890000000890 &100000000000066670000006.667
бр. на QSAR параметри од лекови &100000000000000050000005 &100000000000000060000006 &1000000000000001400000014 &1000000000000002300000023
бр. на лекови со постојани податоци за врзување на лекови &100000000000000000000000 &100000000000000000000000 &100000000000000000000000 &10000000000000791000000791
бр. на лекови со спектар на NMR &100000000000000000000000 &100000000000000000000000 &100000000000000000000000 &10000000000000306000000306
бр. на лекови со спектар на МС &100000000000000000000000 &100000000000000000000000 &100000000000000000000000 &10000000000000384000000384
бр. на лекови со информации за хемиска синтеза &100000000000000000000000 &1000000000000003800000038 &1000000000000003800000038 &100000000000012850000001.285
бр. на лекови одобрени од ФДА за ситни молекули &10000000000000841000000841 &100000000000013440000001.344 &100000000000014240000001.424 &100000000000015580000001.558
бр. на биотехнолошки лекови &10000000000000113000000113 &10000000000000123000000123 &10000000000000132000000132 &10000000000000155000000155
бр. на нутриционистички лекови &1000000000000006100000061 &1000000000000006900000069 &1000000000000008200000082 &1000000000000008700000087
бр. на повлечени лекови &100000000000000000000000 &1000000000000005700000057 &1000000000000006800000068 &1000000000000007800000078
бр. на забранета лекови &100000000000000000000000 &10000000000000188000000188 &10000000000000189000000189 &10000000000000190000000190
бр. на експериментални лекови &100000000000028940000002.894 &100000000000031160000003.116 &100000000000052100000005.210 &100000000000060090000006.009
бр. на експериментални и ФДА ситно молекуларни лекови &100000000000037960000003.796 &100000000000047740000004.774 &100000000000066840000006.684 &100000000000075610000007.561
бр. на експериментални ФДА лекови (сите видови) &100000000000039090000003.909 &100000000000048970000004.897 &100000000000068160000006.816 &100000000000077130000007.713
бр. на цел на лекови(уникатни) &100000000000021330000002.133 &100000000000030370000003.037 &100000000000043260000004.326 &100000000000041150000004.115
бр. на ензими / носители на одобрени лекови(уникатни) &100000000000000000000000 &100000000000000000000000 &10000000000000164000000164 &10000000000000245000000245
бр. на сите ензими / носители на лекови (уникатни) &100000000000000000000000 &100000000000000000000000 &10000000000000169000000169 &10000000000000253000000253
бр. на надворешни врски со бази на податоци &1000000000000001200000012 &1000000000000001800000018 &1000000000000003100000031 &1000000000000003300000033

Опсег и пристап[уреди | уреди извор]

Сите податоци во DrugBank се не-комерцијални или се добиени од не-комерцијален извор. Таа е слободно достапна и достапна за секого. Покрај тоа, скоро секоја ставка на податоци е целосно следлива и експлицитно се упатува на оригиналниот извор. Податоците за DrugBank се достапни преку јавен веб-интерфејс и преземања.

Корисниците можат да ја побараат DrugBank на неколку начини:

  • Поддржани се едноставни пребарувања за текст за целата текстуална компонента на базата на податоци. Со кликнување на копчето "Browse", се создава табеларна синопса за содржината на DrugBank. Овој преглед им овозможува на корисниците случајно да се движат низ базата на податоци или повторно да ги сортираат нејзините содржини.
  • Со кликнување на даденото копче DrugCard се појавува целокупната содржина на податоци за соодветниот лек. Комплетно објаснување за сите полиња и извори на DrugCard е дадено .
  • Копчето PharmaBrowse им овозможува на корисниците да пребаруваат преку лекови, групирани според нивната индикација. Ова е особено корисно за фармацевтите и лекарите, но исто така и за фармацевтските истражувачи кои бараат потенцијални лекови.
  • Копчето ChemQuery им овозможува на корисниците да нацртаат (користејќи аплети ChemAxon ) или да напишат (како низа SMILES ) хемиско соединение и да пребаруваат DrugBank за хемикалии слични или идентични со барањето соединение (Слика 3).
  • Копчето TextQuery поддржува пософистицирано пребарување на текст (делумни совпаѓања на зборови,фонт, промашувања и слично) на текстот на DrugBank.
  • Копчето SeqSearch им овозможува на корисниците да вршат BLAST (протеински) пребарувања за секвенци на 18.000 секвенци содржани во DrugBank. Поддржани се и единечни и повеќекратни секвенци (т.е. целосен протеом ).
  • Копчето Екстрактор на податоци отвора алатка за пребарување на релациони лесни за употреба, која им овозможува на корисниците да избираат или пребаруваат различни комбинации на секундарни-полиња. Екстрасорот за податоци е најсофистицираната алатка за пребарување на DrugBank.

Корисниците можат да преземат избрани компоненти на текст и податоци за низа од DrugBank и да ги следат најновите вести за DrugBank преку редовни извори на вести преку својата веб-страница, како и преку Twitter и Facebook.

Поврзано[уреди | уреди извор]

Наводи[уреди | уреди извор]

  1. Wishart, DS; Knox C; Guo AC; и др. (Jan 2008). "DrugBank: a knowledgebase for drugs, drug actions and drug targets". Nucleic Acids Research. 36 (Database issue): D901–906. doi:10.1093/nar/gkm958. PMC 2238889. PMID 18048412.
  2. Knox, C; Law, V; Jewison, T; Liu, P; Ly, S; Frolkis, A; Pon, A; Banco, K; Mak, C (Jan 2011). "DrugBank 3.0: a comprehensive resource for 'omics' research on drugs". Nucleic Acids Research. 39 (Database issue): D1035–41. doi:10.1093/nar/gkq1126. PMC 3013709. PMID 21059682.
  3. Law, V; Knox, C; Djoumbou, Y; Jewison, T; Guo, AC; Liu, Y; Maciejewski, A; Arndt, D; Wilson, M (Jan 2014). "DrugBank 5.0: shedding new light on drug metabolism". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D1091-7. doi:10.1093/nar/gkt1068. PMC 3965102. PMID 24203711.