Како руска населба, Минусинск е основан во 1739 година, а станува град во 1822 година.
Во историјата градот служел како место за политички егзил. Додека бил во егзил во блиското село Шушенское помеѓу 1897 и 1900 година, Владимир Ленин често го посетувал Минусинск. Во Минусинск бил интерниран и македонскиот револуционер Христо Зарезанков во периодот од 1935 до 1938 година, кога бил погубен.
