Структурен мотив

Поимот структурен мотив се однесува на супервторичната структура на биополимерите, како белковините и нуклеинските киселини. Тие се наоѓаат во белковини и ензими со различни функции, па затоа не се соодветни за предвидување на биолошката функција.

Бидејќи односот помеѓу првичната структура и третичната структура не е едноставен, два биополимера може да споделуваат ист мотив, но сепак да немаат сличност во првичната структура. Со други зборови, структурниот мотив не мора да биде поврзан со низниот мотив. Исто така, постоењето на низен мотив не мора да подразбира карактеристична структура. Во повеќето ДНК мотиви, на пример, се претпоставува дека ДНК од таа низа не отстапува од нормалната структура на двојна завојница.

Кај белковините

Кај белковините, структурниот мотив ја опишува поврзаноста помеѓу елементите на вторичната структура. Поединечниот структурен мотив обично се состои од само неколку елементи, на пример, мотивот „завојница-свиок-завојница“ има само три. Додека просторната низа на елементи може да биде идентична во сите случаи на еден мотив, тие може да бидат кодирани во било кој ред во рамките на генот. Во прилог на елементи на вторичната структура, белковинските структурни мотиви често имаат петелки со варијабилна должина и неодредена структура.

• Бета шнола:

Доста честа. Две антипаралелни бета нишки поврзани со тесни свиоци од неколку аминокиселински остатоци помеѓу нив.

• Грчки клуч:

Две бета нишки склопени во форма на сендвич.

• Омега петелка:

Петелка кај која аминокиселинските остатоци кои го сочинуваат почетокот и на крајот на петелката се многу блиску една до друга.

• Завојница-петелка-завојница:

Се состои од алфа-завојницаи поврзани со петелка. Овој мотив се наоѓа во факторите на транскрипција.

• Цинков прст:

Две бета нишки со крај од алфа-завојница склопен за да врзе цинков јон. Се јавува кај ДНК-врзувачките белковини.

• Завојница-свиок-завојница:

Два α-завојницаа, поврзани со кратка нишка (свиок). Се среќаваат кај многу белковини кои ја регулираат генската експресија.

• Гнездо:

Многу честа. Три последователни аминокиселински остатоци формираат вдлабнатина која врзува анјон.

• Ниша:

Многу честа. Три или четири последователни аминокиселински остатоци формираат структура за врзување на катјон.

Поврзано

• Низен мотив
• Краток линеарен мотив
• Вторична структура на белковините

Наводи

• PROSITE База на податоци за белковински фамилии и домени (англиски)
• SCOP Структурна класификација на белковините (англиски)
• CATH Класа Архитектура Топологија Хомологија (англиски)
• FSSP FSSP (англиски)
• PASS2 PASS2 - Порамнување на Белковини како Структурни Натсемејства (англиски)
• SMoS SMoS - База на податоци за Структурните мотиви на натсемејство Архивирано на 26 јануари 2007 г. (англиски)
• S4 S4: опслужувач за Супер-Вторични Структурни Мотиви (англиски)

Литература

• Chiang YS, Gelfand TI, Kister AE, Gelfand IM (2007). „New classification of supersecondary structures of sandwich-like proteins uncovers strict patterns of strand assemblage“. Proteins. 68 (4): 915–921. doi:10.1002/prot.21473. PMID 17557333.