Структурен мотив

Од Википедија — слободната енциклопедија
Прејди на прегледникот Прејди на пребарувањето

Поимот структурен мотив се однесува на суперсекундарната структура на биополимерите, како белковините и нуклеинските киселини. Тие се наоѓаат во белковини и ензими со различни функции, па затоа не се соодветни за предвидување на биолошката функција.

Бидејќи односот помеѓу примарната структура и терциерната структура не е едноставен, два биополимера може да споделуваат ист мотив, но сепак да немаат сличност во примарната структура. Со други зборови, структурниот мотив не мора да биде поврзан со секвенцискиот мотив. Исто така, постоењето на секвенциски мотив не мора да подразбира карактеристична структура. Во повеќето ДНК мотиви, на пример, се претпоставува дека ДНК од таа секвенца не отстапува од нормалната структура на двоен хеликс.

Кај белковините[уреди | уреди извор]

Кај белковините, структурниот мотив ја опишува поврзаноста помеѓу елементите на секундарната структура. Индивидуалниот структурен мотив обично се состои од само неколку елементи, на пример, мотивот „хеликс-свијок-хеликс“ има само три. Додека просторната секвенца на елементи може да биде идентична во сите случаи на еден мотив, тие може да бидат кодирани во било кој ред во рамките на генот. Во прилог на елементи на секундарната структура, белковинските структурни мотиви често имаат петелки со варијабилна должина и неодредена структура.

Доста честа. Две антипаралелни бета нишки поврзани со тесни свиоци од неколку аминокиселински остатоци помеѓу нив.

Две бета нишки склопени во форма на сендвич.

Петелка кај која аминокиселинските остатоци кои го сочинуваат почетокот и на крајот на петелката се многу блиску една до друга.

Се состои од алфа хеликси поврзани со петелка. Овој мотив се наоѓа во факторите на транскрипција.

Две бета нишки со крај од алфа хеликс склопен за да врзе цинков јон. Се јавува кај ДНК-врзувачките протеини.

Два α-хеликса, поврзани со кратка нишка (свијок). Се среќаваат кај многу протеини кои ја регулираат генската експресија.

Многу честа. Три последователни аминокиселински остатоци формираат вдлабнатина која врзува анјон.

Многу честа. Три или четири последователни аминокиселински остатоци формираат структура за врзување на катјон.

Поврзано[уреди | уреди извор]

Наводи[уреди | уреди извор]

Литература[уреди | уреди извор]

  • New classification of supersecondary structures of sandwich-like proteins uncovers strict patterns of strand assemblage.. „Proteins“ том  68 (4): 915–921. doi:10.1002/prot.21473. PMID 17557333.