Прејди на содржината

Референтна секвенца на Кембриџ

Од Википедија — слободната енциклопедија
Генска карта на човечкиот митохондријален геном што одговара на ревидираната референтна секвенца на Кембриџ.[1]

Референтна секвенца на Кембриџ (РСК) — човечка митохондријална ДНК за прв пат беше објавена во 1981 година.[2]

Група предводена од Фред Сангер од Универзитетот во Кембриџ го секвенционирала митохондријалниот геном на една жена со европско потекло[3] во текот на 1970-тите, одредувајќи дека има должина од 16.569 базни парови (0,0006% од нуклеарниот човечки геном) што содржи некои 37 гени и ја објави оваа секвенца во 1981 година.[2]

Кога другите истражувачи го повторија редоследот, беа забележани некои впечатливи несогласувања. Оригиналната објавена низа вклучуваше единаесет грешки, вклучително и еден дополнителен базен пар во позиција 3107 и неточни доделувања на единечни базни парови. Некои од нив беа резултат на контаминација со примероци од говеда и HeLa. Корегираниот ревидиран РСК беше објавен од Ендрус и сор. во 1999 година. [4] (Оригиналното нумерирање на нуклеотидите беше задржано за да се избегне забуна.) Референтната низа припаѓа на европската хаплогрупа H2a2a1. Ревидираниот РСК е означен како rРСК. Тој е депониран во базата на податоци на GenBank NCBI под пристапниот број NC_012920.[1]

Кога секвенционирањето на митохондријалната ДНК се користи за генеалошки цели, резултатите често се пријавуваат како разлики од ревидираниот РСК. РСК е референтна секвенца наместо запис на најраната човечка mtДНК. Разликата помеѓу тестираниот примерок и РСК можеби се појавила во лозата на РСК или во лозата на тестираниот примерок. РСК вклучува седум нуклеотиди кои се ретки полиморфизми: 263A, 311C-315C, 750A, 1438A, 4769A, 8860A и 15326A.[5]

Некогаш наместо Кембриџ, се користи и алтернативна африканска (јоруба) референтна низа. Има различен систем на нумерирање со должина од 16.571 базни парови и го претставува митохондријалниот геном на една африканска индивидуа. Други алтернативни референтни секвенци кои исто така понекогаш се користеле ги вклучуваат африканските (Уганда), шведските и јапонските секвенци.[6]

Во 2012 година, беше предложено дека ревидираната референтна секвенца на Кембриџ (rРСК), треба да се замени со нова Реконструирана референтна секвенца на Сапиенс (РРСС). [7] РРСС го задржува истиот систем за нумерирање како и РСК, но го претставува геномот на предците на Митохондријалната Ева, од која потекнуваат сите моментално познати човечки митохондрии. РРСС треба да биде покорисен за споредување на промените во различни хаплогрупи[3] иако за ова се дебатира.[8] ДНК од семејното стебло известува за резултати за mtДНК и за rРСК и за РРСС.[3]

  1. 1,0 1,1 Homo sapiens mitochondrion, complete genome. "Revised Cambridge Reference Sequence (rCRS): accession NC_012920", National Center for Biotechnology Information. Retrieved on 30 January 2016.
  2. 2,0 2,1 „Sequence and organization of the human mitochondrial genome“. Nature. 290 (5806): 457–465. 1981. Bibcode:1981Natur.290..457A. doi:10.1038/290457a0. PMID 7219534. Грешка во наводот: Неважечка ознака <ref>; називот „CRS“ е зададен повеќепати со различна содржина.
  3. 3,0 3,1 3,2 Aulicino, Emily D. (19 December 2013). Genetic Genealogy: The Basics and Beyond. AuthorHouse. стр. 27. ISBN 978-1491840900. Грешка во наводот: Неважечка ознака <ref>; називот „Aulicino“ е зададен повеќепати со различна содржина.
  4. Turnbull, Douglass M.; Andrews, Richard M.; Kubacka, Iwona; Chinnery, Patrick F.; Lightowlers, Robert N.; Howell, Neil (1999). „Reanalysis and revision of the Cambridge reference sequence for human mitochondrial DNA“. Nature Genetics. 23 (2): 147. doi:10.1038/13779. PMID 10508508.
  5. Andrews, Richard M.; Kubacka, Iwona; Chinnery, Patrick F.; Lightowlers, Robert N.; Turnbull, Douglass M.; Howell, Neil (October 1999). „Reanalysis and revision of the Cambridge reference sequence for human mitochondrial DNA“. Nature Genetics. 23 (2): 147–147. doi:10.1038/13779.
  6. Lott, Marie (29 June 2015). „Complete Mitochondrial DNA Sequences“. Mitoweb. Посетено на 14 November 2015.
  7. Behar, Doron M.; и др. (6 April 2012). „A "Copernican" Reassessment of the Human Mitochondrial DNA Tree from its Root“. The American Journal of Human Genetics. 90 (4): 675–684. doi:10.1016/j.ajhg.2012.03.002. PMC 3322232. PMID 22482806.
  8. „The case for the continuing use of the revised Cambridge Reference Sequence (rCRS) and the standardization of notation in human mitochondrial DNA studies“. Journal of Human Genetics. 59 (2): 66–67. 5 December 2014. doi:10.1038/jhg.2013.120. PMID 24304692.

Надворешни врски

[уреди | уреди извор]