Имитација на SWI
ISWI (I mitation SWI tch) бил еден од петте главни комплексни типови или подфамилии за ремоделирање на ДНК хроматин, пронајдени во повеќето еукариотски организми.[1] Комплексите за ремоделирање на ISWI ги поставувале нуклеозомите долж сегментите на ДНК во редовни интервали. Поставувањето на нуклеозомите од протеинските комплекси ISWI обично резултирало со замолчување на ДНК бидејќи поставувањето на нуклеозомите спречувало транскрипција на ДНК.[2] ISWI, како и тесно поврзаната подфамилија SWI/SNF, бил ремоделатор на хроматин зависен од АТП. Сепак, активностите за ремоделирање на хроматин на ISWI и SWI/SNF биле различни и посредувале во врзувањето на непреклопувачките групи на фактори за транскрипција на ДНК.[3]
Протеинот ISW1 била првата подединица на ATP- аза која била изолирана во фамилијата за ремоделирање на хроматин ISWI во мушичката Drosophila. Овој протеин претставувал високо ниво на сличност со семејството за ремоделирање на хроматин SWI/SNF во доменот на ATP-аза. Надвор од доменот ATPase ISWI ја губел сличноста со членот на семејството SWI/SNF, поседувајќи SANT домен наместо бромодоменот. Протеинот ISWI можело да комуницира со неколку протеини давајќи три различни комплекси за ремоделирање на хроматин во Drosophila melanogaster: NURF (фактор за ремоделирање на нуклеозомите), CHRAC (комплекс за ремоделирање и склопување на хроматин) и ACF (фактор за ремоделирање и склопување на хроматин што користел ATP).
Ин витро, протеинот ISWI сам можел да собере нуклеозоми на линеарната ДНК и можел да ги движи нуклеозомите на линеарната ДНК од центарот до екстремитетите. Внатре во комплексот CHRAC, ISWI ја катализирал инверзната реакција, придвижувајќи ги нуклеозомите од екстремитетите кон центарот.[4]
Генерирање на јамки во dsDNA[уреди | уреди извор]
Студија со единечна молекула користејќи микроскопија со атомска сила (AFM) и движење на врзани честички (TPM) забележала дека ISWI можела да врзе гола ДНК во отсуство на АТП, обвиткувајќи ја ДНК околу протеинот. Во присуство на АТП, протеинот генерирал ДНК јамки додека истовремено генерирал негативни супернамотки во шаблонот.[5] Првата слика во овој труд покажала три AFM слики од каде една ДНК во интеракција со ISWI била депонирана на површините на мика. Во центарот, еден ISWI бил врзан до крајот на шаблонот dsDNA. Десната слика покажала две ДНК јамки генерирани од ISWI. Овие јамки содржеле супернамотки. Студијата TPM наместо тоа покажала дека времетраењето на јамката формирана од ISWI била зависна од ATP.
Наводи[уреди | уреди извор]
- ↑ „ISWI chromatin remodeling: one primary actor or a coordinated effort?“. Current Opinion in Structural Biology. 24: 150–155. February 2014. doi:10.1016/j.sbi.2014.01.010. PMC 4332870. PMID 24561830.
- ↑ Sanders MF (2019). Genetic analysis : An Integrated Approach (англиски). John L. Bowman (3rd. изд.). NY NY. стр. 488. ISBN 978-0-13-460517-3. OCLC 1008959321.
- ↑ „Mammalian ISWI and SWI/SNF selectively mediate binding of distinct transcription factors“. Nature. 569 (7754): 136–140. May 2019. Bibcode:2019Natur.569..136B. doi:10.1038/s41586-019-1115-5. PMC 6522387. PMID 30996347.
- ↑ „Nucleosome movement by CHRAC and ISWI without disruption or trans-displacement of the histone octamer“. Cell. 97 (7): 843–852. June 1999. doi:10.1016/S0092-8674(00)80797-7. PMID 10399913.
- ↑ „ATP-dependent looping of DNA by ISWI“. Journal of Biophotonics. 1 (4): 280–286. September 2008. doi:10.1002/jbio.200810027. PMC 3428829. PMID 19343651.