Клубот бил основан како академија во 2013 година.[1] Во сезоната 2014/15, Академија ФМП пријавила екипа во Третата лига, која завршила на второто место и била унапредена во Втората лига.[2]Следната сезона, сега како второлигаш, Академија ФМП завршил на последното десетто место на табелата со што отпаднал од Втората лига. Но поради пополнување на испразнети места во Втората лига, клубот бил вратен во второлигашкото друштво. Сезоната 2016/17, ФМП завршил на високото трето место. Во сезоната 2017/18, Академија била четврта во Лигата. Сезоната 2018/19 била историска за клубот. Академија го освоила првото место во Втората лига - Исток без пораз и со тоа обезбедила пласман во разигрувањето за Првата лига. Во разигрувањето Академија била поразена во финалето од МЗТ Аеродром (вториот состав), но како вицепрвак влегле во баражот за упредување против последниот прволигаш и го добиле баражот со што се квалификувале во Првата македонска лига.
↑„За Академијата“. fmp.mk преку web.archive.org. Архивирано од изворникот на 2019-09-23. Посетено на 23 септември 2019.CS1-одржување: бот: непознат статус на изворната URL (link)
↑„Трета лига мажи - Сезона 2014/15“. Македонска Кошаркарска Федерација преку web.archive.org. Архивирано од изворникот на 2016-11-12. Посетено на 23 септември 2019.CS1-одржување: бот: непознат статус на изворната URL (link)