Островите Сао Томе и Принсипе биле ненаселени пред доаѓањето на португалците во околу 1470 година. Островите биле откриени од Жоао де Сантарем и Педро Ескобар. Цели три години португалските морепловци го истражувале островот пред да донесат одлука каде да биле изградена почетната база. Португалските морепловци го истражиле островот и одлучиле да останат таму бидејќи биле на добра местоположба. Се смета дека островот Сао Томе бил откриен на 21 декември1471 година, денот на Свети Тома или на 17 јануари1472 година, денот на Антониј Велики.[1] Во 1493 година било создадено првото населено место од страна на Алваро Камиња по заповед на кралот Жоау II од Португалија. Во 1500 година на истиот начин било основано и првото населено место на Принсипе. Земјата била експлоатирана, а како главни робови служеле донесените евреи, осуденици и робови.[2] Многу бргу островот станал најголемиот производител на шеќер во Африка. Но по развојот на шекерната трска во Западна Африка, значењето на островот во тој поглед се намалило. Во околу 1800 година започнало да се произведува кафе и какао. Од тој период до денес, Сао Томе и Принсипе е најголемиот производител на какао во светот. Во 1875 година било укинето ропството, а во периодот помеѓу 1951—1972, островите станале провинција на Португалија. во 1953 година избувнало востание на работниците против португалската власт кое востание завршило по колежот на 1.000 востаници. По ова започнало да се шири националистичката свест и движење чија главна цел било ослободувањето на островите. На 12 јули1975 година била прогласена независност. За прв претседател бил избран Мануел Пинто де Коста. Сао Томе и Принсипе била меѓу првите африкански земји кои во 1990-тите донела демократски реформи и легализација на опозициските партии, така што изборите во 1991 година биле слободни. Мигел Тровада бил избран за претседател на двапати. Во текот на 2009 година во земјата имало обид за државен удар врз Фрадик де Менезес, кој истиот не бил успешен.[3]
