Клубот е основан во 1904 година од страна на вработените во германското фармацевтско претпријатие Бајер, чие седиште е во Леверкузен и од каде што клубот го добил името. Тоа било порано најпознат оддел на "ТСВ Бајер 04 Леверкузен", спортски клуб, чии членови исто така учествуваат во атлетика, гимнастика, кошарка и други спортови, вклучувајќи ги и клубовите за (веслање, тенис и хокеј). Во 1999 година фудбалскиот оддел бил одвоен од спортскиот клуб и сега е посебен ентитет кој официјално се нарекува "Бајер 04 Леверкузен ГмбХ".[4]