Verrucomicrobia

Од Википедија — слободната енциклопедија
Прејди на прегледникот Прејди на пребарувањето
Verrucomicrobia
Научна класификација
Домен: Bacteria
Колено: Verrucomicrobia
Hedlund 2012
Класи
Синоними
  • Verrucomicrobaeota Oren et al. 2015

Verrucomicrobia е колено на бактерии. Ова колено содржи само неколку опишани видови (коленото е именувано според видот Verrucomicrobium spinosum). Досега идентификуваните видови се изолирани од слатководни средини, почви, а присутни се и во човечкиот измет. Голем број на видови кои сѐ уште не се култивирани утврдено е дека стапуваат во разни асоцијации со еукариотски домаќини како протисти и нематоди. Додека терминот verrucae е име за брадавици кои се јавуваат по рацете и нозете, ова бактериско колено не е именувано бидејќи е предизвикувачки агенс за брадавици, туку поради нивната морфологија која потсетува на брадавици.

Постојат докази дека Verrucomicrobia се наоѓаат во изобилство во животната средина, особено во почвите. Ова колено се смета дека има две сестрински колена: Chlamydiae и Lentisphaerae, кои заедно се групираат во т.н. PVC група.[1] Коленото Verrucomicrobia може да се разликува од соседните колена во рамките на PVC групата со неколку CSIs (анг. Conserved signature inserts and deletions).[2] Овие CSIs претставуваат единствени, синапоморфични карактеристики кои сугерираат заедничко потекло на членовите во рамките на Verrucomicrobia, а истовремено ги разграничуваат од останатите бактерии.[3] Неколку CSIs се уникатно споделувани помеѓу колената Verrucomicrobia и Chlamydiae.[4] Овие CSIs се доказ дека Chlamydiae се најблиску сродни со Verrucomicrobia, и дека тие се посродни една со друга, отколку што било која од нив е со Planctomycetes.

Томас Кавалир-Смит има хипотизирано дека Verrucomicrobia припаѓаат на таксонот Planctobacteria, кој пак е дел на поголемиот таксон Gracilicutes. Податоците добиени од 16S рРНК го потврдуваат ова гледиште.[5] Во 2008 година, целиот геном на Methylacidiphilum infernorum (2.3 Mbp) беше објавен. Неговиот единечен кружен хромозом кодира околу 2473 протеини, од кои 731 немаат познати хомолози. Овие анализи открија и многу можни хомологии со Proteobacteria.[6][7]

Филогенија[уреди | уреди извор]

Филогенијата е врз основа на работата на проектот Проектот "Животно дрво на сите видови" (анг. The All-Species Living Tree Project).[8]


Opitutae
Puniceicoccaceae

Coraliomargarita akajimensis




Puniceicoccus vermicola



Cerasicoccus arenae





Opitutaceae

Opitutus terrae



Alterococcus agarolyticus



Pelagicoccus

P. croceus




P. mobilis (type sp.)




P. albus



P. litoralis







Verrucomicrobiales

Limisphaera ngatamarikiensis



Verrucomicrobiaceae

Terrimicrobium sacchariphilum




Verrucomicrobium spinosum




Roseimicrobium gellanilyticum


Prosthecobacter


P. fluviatilis



P. vanneervenii





Brevifollis gellanilyticus





P. algae



P. dejongeii





P. debontii



P. fusiformis (type sp.)











Akkermansia muciniphila




Luteolibacter

L. cuticulihirudinis




L. pohnpeiensis (type sp.)




L. algae




L. luojiensis



L. yonseiensis






Haloferula


H. luteola



H. sargassicola





H. helveola




H. phyci




H. harenae




H. chungangensis



H. rosea (type sp.)









Roseibacillus

R. persicicus




R. ishigakijimensis (type sp.)



R. ponti






Persicirhabdus sediminis


Rubritalea


R. sabuli




R. halochordaticola



R. squalenifaciens






R. marina (type sp.)




R. spongiae



R. tangerina












Таксономија[уреди | уреди извор]

Моментално прифатената таксономија се заснова на Листата на имиња на прокариотите со евиденција во номенклатурата (анг. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature - LPSN)[9] и Националниот центар за биотехнолошки информации (анг. National Center for Biotechnology Information - NCBI).[10]

  • Колено Verrucomicrobia Hedlund 2012 [Verrucomicrobaeota Oren et al. 2015]
    • Род ?"Candidatus Epixenosoma" ♠ Bauer et al. 2005
      • Вид "Candidatus Epixenosoma ejectans" ♠ Bauer et al. 2005
    • Род ?LentimonasChoo & Cho 2006
      • Вид "Lentimonas marisflavi" ♠ Choo & Cho 2006
    • Род? "Methyloacida" ♠ Islam et al. 2008
    • Род ?"Methylacidimicrobium" ♠ van Teeseling et al. 2014
      • Вид "M. cyclopophantes" ♠ van Teeseling et al. 2014
      • Вид "M. fagopyrum" ♠ van Teeseling et al. 2014
      • Вид "M. tartarophylax" ♠ van Teeseling et al. 2014
    • Ред ?"Methylacidiphilales" ♠ Op den Camp 2009
      • Фамилија "Methylacidiphilaceae" ♠ Op den Camp 2009
        • Род "Methylacidiphilum" ♠ Hou et al. 2008 emend. Op den Camp et al. 2009
          • Вид "M. fumariolicum" ♠ (Pol et al. 2007) Op den Camp et al. 2009
          • Вид "M. infernorum" ♠ (Dunfield et al. 2007) Hou et al. 2008
          • Вид "M. kamchatkense" ♠ Islam et al. 2008
    • Класа ?"Spartobacteria" Sangwan et al. 2004
      • Род "Candidatus Xiphinematobacter" ♠ Vandekerckhove et al. 2000
        • Вид "Ca. X. americani" ♠ Vandekerckhove et al. 2000
        • Вид "Ca. X. brevicolli" ♠ Vandekerckhove et al. 2000
        • Вид "Ca. X. rivesi" ♠ Vandekerckhove et al. 2000
      • Ред "Chthoniobacterales" Sangwan et al. 2004
        • Фамилија "Chthoniobacteraceae" Sangwan et al. 2004
          • Род "Chthoniobacter" ♠ Sangwan et al. 2004
            • Вид "Chthoniobacter flavus" ♠ Sangwan et al. 2004
    • Класа Opitutae Choo et al. 2007
      • Ред Opitutales Choo et al. 2007
        • Фамилија Opitutaceae Choo et al. 2007
          • Род ?"Diplosphaera" ♠ Wertz et al. 2012 non Bialosuknia 1909
            • Вид "Diplosphaera colitermitum" ♠ Wertz et al. 2012
          • Род Alterococcus Shieh and Jean 1999
            • Вид Alterococcus agarolyticus Shieh and Jean 1999
          • Род Opitutus Chin et al. 2001
            • Вид Opitutus terrae Chin et al. 2001
          • Род Cephaloticoccus Lin et al. 2016
            • Вид C. capnophilus Lin et al. 2016
            • Вид C. primus Lin et al. 2016
      • Ред Puniceicoccales Choo et al. 2007
        • Фамилија Puniceicoccaceae Choo et al. 2007
          • Род Cerasicoccus Yoon et al. 2007
            • Вид C. arenae Yoon et al. 2007 (type sp.)
            • Вид "C. frondis" ♠ Yoon et al. 2010
            • Вид "C. maritimus" ♠ Yoon et al. 2010
          • Род Coraliomargarita Yoon et al. 2007
            • Вид Coraliomargarita akajimensis Yoon et al. 2007
          • Род Pelagicoccus Yoon et al. 2007
            • Вид P. albus Yoon et al. 2007
            • Вид P. croceus Yoon et al. 2007
            • Вид P. litoralis Yoon et al. 2007
            • Вид P. mobilis Yoon et al. 2007 (type sp.)
          • Род Puniceicoccus Choo et al. 2007
            • Вид Puniceicoccus vermicola Choo et al. 2007
    • Класа Verrucomicrobiae Hedlund et al. 1998 emend. Yoon et al. 2008
      • Ред Verrucomicrobiales Ward-Rainey et al. 1996 emend. Yoon et al. 2008
        • Фамилија Verrucomicrobia subdivision 3 [Pedosphaeraceae]
          • Род ?"Pedosphaera" ♠ Ozyurt 2008
            • Вид "Pedosphaera parvula" ♠ Ozyurt 2008
          • Род Limisphaera ngatamarikiensis Anders et al. 2015
            • Вид Limisphaera ngatamarikiensis Anders et al. 2015
        • Фамилија Akkermansiaceae Hedlund & Derrien 2012
          • Род Akkermansia Derrien et al. 2004
            • Вид Akkermansia muciniphila Derrien et al. 2004
        • Фамилија Rubritaleaceae Hedlund 2012
          • Род Rubritalea Scheuermayer et al. 2006
            • Вид R. halochordaticola Yoon et al. 2011
            • Вид R. marina Scheuermayer et al. 2006 (type sp.)
            • Вид R. sabuli Yoon et al. 2008
            • Вид R. spongiae Yoon et al. 2007
            • Вид R. squalenifaciens Kasai et al. 2007
            • Вид R. tangerina Yoon et al. 2007
        • Фамилија Verrucomicrobiaceae Ward-Rainey et al. 1996 emend. Takeda et al. 2008
          • Род ?FucophilusSakai et al. 2001b
            • Вид Fucophilus fucoidanolyticusSakai et al. 2001b
          • Род Brevifollis Otsuka et al. 2013
            • Вид Brevifollis gellanilyticus Otsuka et al. 2013
          • Род Haloferula Yoon et al. 2008 emend. Bibi et al. 2011
            • Вид H. chungangensis Kang et al. 2013
            • Вид H. harenae Yoon et al. 2008
            • Вид H. helveola Yoon et al. 2008
            • Вид H. luteola Bibi et al. 2011
            • Вид H. phyci Yoon et al. 2008
            • Вид H. rosea Yoon et al. 2008 (type sp.)
            • Вид H. sargassicola Yoon et al. 2008
          • Род Persicirhabdus Yoon et al. 2008
            • Вид Persicirhabdus sediminis Yoon et al. 2008
          • Род Luteolibacter Yoon et al. 2008
            • Вид L. algae Yoon et al. 2008
            • Вид L. cuticulihirudinis Glaeser et al. 2012
            • Вид L. luojiensis Jiang et al. 2012
            • Вид L. pohnpeiensis Yoon et al. 2008 (type sp.)
            • Вид L. yonseiensis Park et al. 2013
          • Род Roseibacillus Yoon et al. 2008
            • Вид R. persicicus Yoon et al. 2008
            • Вид R. ishigakijimensis Yoon et al. 2008 (type sp.)
            • Вид R. ponti Yoon et al. 2008
          • Род Roseimicrobium Otsuka et al. 2013
            • Вид Roseimicrobium gellanilyticum Otsuka et al. 2013
          • Род Prosthecobacter (ex Staley et al. 1976) Staley et al. 1980 emend. Takeda et al. 2008
            • Вид P. algae Lee et al. 2014
            • Вид P. dejongeii Hedlund et al. 1998
            • Вид P. debontii Hedlund et al. 1998
            • Вид P. fluviatilis Takeda et al. 2008
            • Вид P. fusiformis (ex Staley et al. 1976) Staley et al. 1980 (type sp.)
            • Вид P. vanneervenii Hedlund et al. 1998
          • Род Terrimicrobium Qiu et al. 2014
            • Вид Terrimicrobium sacchariphilum Qiu et al. 2014
          • Род Verrucomicrobium Schlesner 1988
            • Вид Verrucomicrobium spinosum Schlesner 1988

Забелешки: ♠  Видот се наоѓа во NCBI, но го нема во Бактериолошкиот Код (1990 година и последователните ревизии), како што е наведено во LPSN.

Наводи[уреди | уреди извор]

  1. Lentisphaera araneosa gen. nov., sp. nov, a transparent exopolymer producing marine bacterium, and the description of a novel bacterial phylum, Lentisphaerae. „Environ Microbiol“ том  6 (6): 611–21. doi:10.1111/j.1462-2920.2004.00614.x. PMID 15142250. 
  2. Molecular Signatures for the PVC Clade (Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae, and Lentisphaerae) of Bacteria Provide Insights into Their Evolutionary Relationships. „Front Microbiol“ том  3: 327. doi:10.3389/fmicb.2012.00327. PMID 23060863. 
  3. Impact of genomics on the understanding of microbial evolution and classification: the importance of Darwin's views on classification. „FEMS Microbiol Rev“ том  40 (4): 520–53. 2016 г. doi:10.1093/femsre/fuw011. PMID 27279642. http://femsre.oxfordjournals.org/content/early/2016/06/07/femsre.fuw011.abstract. 
  4. Phylogeny and shared conserved inserts in proteins provide evidence that Verrucomicrobia are the closest known free-living relatives of chlamydiae. „Microbiology“ том  153 (Pt 8): 2648–54. doi:10.1099/mic.0.2007/009118-0. PMID 17660429. 
  5. Wagner, M; Horn, M. The Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae and sister phyla comprise a superphylum with biotechnological and medical relevance. „Current Opinion in Biotechnology“ том  17 (3): 241–9. doi:10.1016/j.copbio.2006.05.005. PMID 16704931. 
  6. Hou, S; Makarova, KS; Saw, JH; Senin, P; Ly, BV; Zhou, Z; Ren, Y; Wang, J; и др.. Complete genome sequence of the extremely acidophilic methanotroph isolate V4, Methylacidiphilum infernorum, a representative of the bacterial phylum Verrucomicrobia. „Biology direct“ том  3: 26. doi:10.1186/1745-6150-3-26. PMID 18593465. 
  7. Ludwig, W., Euzéby, J., & Whitman W.B.. Bergey's Taxonomic Outlines: Volume 4 - Draft Taxonomic Outline of the Bacteroidetes, Planctomycetes, Chlamydiae, Spirochaetes, Fibrobacteres, Fusobacteria, Acidobacteria, Verrucomicrobia, Dictyoglomi, and Gemmatimonadetes. „Bergey's Manual Trust“: 15. http://bergeys.org/outlines/Bergeys_Vol_4_Outline.pdfШаблон:Inconsistent citations CS1 maint: Multiple names: authors list (link)
  8. „16S rRNA-based LTP release 123 (full tree)“. Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. http://www.arb-silva.de/fileadmin/silva_databases/living_tree/LTP_release_123/LTPs123_SSU_tree.pdf. посет. 20 март 2016 г. 
  9. J.P. Euzéby. „Verrucomicrobia“. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). http://www.bacterio.net/-classifphyla.html#Verrucomicrobia. посет. 20 март 2016 г. 
  10. Sayers. „Verrucomicrobia“. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Undef&id=74201&lvl=6&lin=f&keep=1&srchmode=1&unlock. посет. 20 март 2016 г.