Acidobacteria

Од Википедија — слободната енциклопедија
Прејди на прегледникот Прејди на пребарувањето
Acidobacteria
Acidobacterium.jpg
Acidobacterium
Научна класификација
Домен: Bacteria
Колено: Acidobacteria
Thrash and Coates 2012[1]
Класи

Acidobacteria
Blastocatellia
Holophagae

Acidobacteria е колено на бактерии. Неговите членови се доста разновидни во поглед на физиологијата, широко се распространети во природата (особено во почвите), но не се доволно застапени во културите.[2][3][4]

Опис[уреди | уреди извор]

Членовите на ова колено се физиолошки разноврсни, и може да се најдат во различни природни средини, вклучувајки ги почвите, изворите на топла вода, морињата, пештерите, итн.[5] Многу Acidobacteria се ацидофилни бактерии, вклучувајќи го и првиот опишан вид, Acidobacterium capsulatum.[6]

Други познати видови се Holophaga foetida,[7] Geothrix fermentans,[8] Acanthopleuribacter pedis[9] и Bryobacter aggregatus.[10] Бидејќи неодамна се откриени и сѐ уште не се култивирани, екологијата и метаболизмот на овие бактерии останува неразјаснет. Сепак, овие бактерии можеби играат значајна улога во екосистемите бидејќи посебно се застапени во почвите.[11]

Некласифицираната подгрупа 2 ацидобактерии исто така се идентификувани како контаминенти во комплементите на реагенси за екстракција на ДНК, што може да доведе до погрешни толкувања за нивната присутност во микробиотата или во метагеномските податоци.[12]

Историја[уреди | уреди извор]

Првиот вид на ова колено, Acidobacterium capsulatum, бил откриен во 1991 година.[13] Сепак, Acidobacteria не бил признаен како нов таксон сѐ до 1997 година, и не бил признат како посебно колено на бактерии сѐ до 2012 година.[14]

Филогенија[уреди | уреди извор]

Моментално прифатената таксономија е врз основа на Листата на имиња на прокариотите со евиденција во номенклатурата (анг. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature - LPSN)[15][16], а филогенијата е базирана на 16S рРНК секвенционирање на LTP 123 од Проектот "Животно дрво на сите видови" (анг. The All-Species Living Tree Project).[17]


Holophagae
Acanthopleuribacteraceae

Acanthopleuribacter pedis Fukunaga et al. 2008


Holophagaceae

Geothrix fermentans Coates et al. 1999



Holophaga foetida Liesack et al. 1995





"Solibacteres"

Bryobacter aggregatus Kulichevskaya et al. 2010



Paludibaculum fermentans Kulichevskaya et al. 2014



Acidobacteriaceae


Acidobacterium capsulatum Kishimoto et al. 1991




Telmatobacter bradus Pankratov and Dedysh 2012


Acidicapsa

A. borealis Kulichevskaya et al. 2012 (type sp.)



A. ligni Kulichevskaya et al. 2012








Bryocella elongata Dedysh et al. 2012


Edaphobacter

E. aggregans Koch et al. 2008 emend. Dedysh et al. 2012



E. modestus Koch et al. 2008 (type sp.)






"Granulicella" mallensis Männistö et al. 2012



Terriglobus

T. aquaticus Baik et al. 2013




T. roseus Eichorst et al. 2007 (type sp.)




T. saanensis Männistö et al. 2011



T. tenax Whang et al. 2014





Granulicella


G. cerasi Yamada et al. 2014



G. paludicola Pankratov and Dedysh 2010 (type sp.)





G. pectinivorans Pankratov and Dedysh 2010




G. sapmiensis Männistö et al. 2012




G. aggregans Pankratov and Dedysh 2010




G. tundricola Männistö et al. 2012




G. arctica Männistö et al. 2012



G. rosea Pankratov and Dedysh 2010














Забелешки:[уреди | уреди извор]

♠ Видови кои се регистрирани во Националниот центар за биотехнолошки информации (анг. National Center for Biotechnology Information - NCBI), но не се во Листата на имиња на прокариотите со евиденција во номенклатурата (анг. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature - LPSN).

Наводи[уреди | уреди извор]

  1. Validation List no. 143. „Int. J. Syst. Evol. Microbiol.“ том  62: 1–4. 
  2. Barns SM; Cain EC; Sommerville L; Kuske CR (2007 г). Acidobacteria phylum sequences in uranium-contaminated subsurface sediments greatly expand the known diversity within the phylum. „Appl. Environ. Microbiol.“ том  73 (9): 3113–6. doi:10.1128/AEM.02012-06. PMID 17337544. 
  3. Quaiser A; Ochsenreiter T; Lanz C (2003 г). Acidobacteria form a coherent but highly diverse group within the bacterial domain: evidence from environmental genomics. „Mol. Microbiol.“ том  50 (2): 563–75. doi:10.1046/j.1365-2958.2003.03707.x. PMID 14617179. 
  4. Rappe, M. S.; Giovannoni, S. J. (2003 г). The Uncultured Microbial Majority. „Annual Review of Microbiology“ том  57: 369–394. doi:10.1146/annurev.micro.57.030502.090759. PMID 14527284. 
  5. Whitman WB, уред (2015). „Acidobacteria phyl. nov.“. Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria. John Wiley & Sons. doi:10.1002/9781118960608.pbm00001. 
  6. Kuske CR; Barns SM; Busch JD (1 септември 1997 г). Diverse uncultivated bacterial groups from soils of the arid southwestern United States that are present in many geographic regions. „Appl. Environ. Microbiol.“ том  63 (9): 3614–21. PMID 9293013. 
  7. Liesack, Werner; Bak, Friedhelm; Kreft, Jan-Ulrich; Stackebrandt, E. (30 јуни 1994 г). Holophaga foetida gen. nov., sp. nov., a new, homoacetogenic bacterium degrading methoxylated aromatic compounds. „Archives of Microbiology“ том  162 (1–2): 85–90. doi:10.1007/BF00264378. PMID 8085918. 
  8. Coates, J. D.; Ellis, D. J.; Gaw, C. V.; Lovley, D. R. (1 октомври 1999 г). Geothrix fermentans gen. nov., sp. nov., a novel Fe(III)-reducing bacterium from a hydrocarbon-contaminated aquifer. „International Journal of Systematic Bacteriology“ том  49 (4): 1615–1622. doi:10.1099/00207713-49-4-1615. PMID 10555343. 
  9. Fukunaga, Y; Kurahashi, M; Yanagi, K; Yokota, A; Harayama, S (ноември 2008 г). Acanthopleuribacter pedis gen. nov., sp. nov., a marine bacterium isolated from a chiton, and description of Acanthopleuribacteraceae fam. nov., Acanthopleuribacterales ord. nov., Holophagaceae fam. nov., Holophagales ord. nov. and Holophagae classis nov. in the phylum 'Acidobacteria'. „International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology“ том  58 (Pt 11): 2597–2601. doi:10.1099/ijs.0.65589-0. PMID 18984699. 
  10. Kulichevskaya, IS; Suzina, NE; Liesack, W; Dedysh, SN (февруари 2010 г). Bryobacter aggregatus gen. nov., sp. nov., a peat-inhabiting, aerobic chemo-organotroph from subdivision 3 of the Acidobacteria. „International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology“ том  60 (Pt 2): 301–6. doi:10.1099/ijs.0.013250-0. PMID 19651730. 
  11. Eichorst SA; Breznak JA; Schmidt TM (2007 г). Isolation and characterization of soil bacteria that define Terriglobus gen. nov., in the phylum Acidobacteria. „Appl. Environ. Microbiol.“ том  73 (8): 2708–17. doi:10.1128/AEM.02140-06. PMID 17293520. 
  12. Salter, Susannah J.; Cox, Michael J.; Turek, Elena M.; Calus, Szymon T.; Cookson, William O.; Moffatt, Miriam F.; Turner, Paul; Parkhill, Julian; и др. (1 јануари 2014 г). Reagent and laboratory contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses. „BMC Biology“ том  12: 87. doi:10.1186/s12915-014-0087-z. ISSN 1741-7007. PMID 25387460. PMC: 4228153. https://dx.doi.org/10.1186/s12915-014-0087-z. 
  13. Kishimoto, Noriaki; Kosako, Yoshimasa; Tano, Tatsuo (31 декември 1990 г). Acidobacterium capsulatum gen. nov., sp. nov.: An acidophilic chemoorganotrophic bacterium containing menaquinone from acidic mineral environment. „Current Microbiology“ том  22 (1): 1–7. doi:10.1007/BF02106205. 
  14. Euzeby JP. „Taxa above the rank of class - Acidobacteria“. конс. 26 November 2017. 
  15. See the List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature. Data extracted from J.P. Euzéby. „Acidobacteria“. Архивирано од изворникот на 2013-01-27. конс. 2016-09-09. 
  16. See the NCBI webpage on Chlorobi Data extracted from Sayers и др. „NCBI Taxonomy Browser“. National Center for Biotechnology Information. конс. 2016-09-09. 
  17. See the All-Species Living Tree Project [1]. Data extracted from the „16S rRNA-based LTP release 123 (full tree)“ (PDF). Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. конс. 2016-09-09. 

Надворешни врски[уреди | уреди извор]