Клубот бил основан во 2012 година по спојувањето на ФК Албарса и ФК Слога Југомагнат. Клубот се смета за духовен наследник и обновен клуб на Слога Југомагнат. Во летото 2014 година, откако Шкупи го загубил баражот за Втората лига, клубот го презел ФК Корзо од Прилеп, клуб учесник во Втората лига. Потоа Корзо бил преименуван во Шкупи 1927.[1][2] Правно, стариот Шкупи од 2012 година и преземениот Шкупи 1927 не претставуваат ист клуб.
