Секундарна структура на нуклеинските киселини

Од Википедија — слободната енциклопедија
Прејди на прегледникот Прејди на пребарувањето

Секундарната структура на нуклеинските киселини претставува интеракции на базните парови во склоп на еден единствен полимер на нуклеинска киселина или помеѓу два одделни полимера. Таа може да се претстави како низа на азотни бази кои се спарени во молекула на нуклеинска киселина.[1] Секундарните структури на биолошките ДНК и РНК молекули се различни: биолошката ДНК најчесто постои како целосно базно-спарен двоверижен хеликс, додека биолошката РНК е едноверижна и често формира сложени интеракции на спарување на базите поради нејзината зголемена способност да формира водородни врски, која потекнува од дополнителната хидроксилна група во состав на рибозата.

Во небиолошки контекст, секундарната структура е од витално значење во дизајнирањето на нуклеински киселини кое се применува во ДНК нанотехнологијата и ДНК сметачите, бидејќи шемата на базното спарување ја одредува целокупната структура на молекулите.

Основни концепти[уреди | уреди извор]

Спарување на бази[уреди | уреди извор]

Спарување на базите во ДНК со водородни врски (прикажани со испрекинати линии).

Во молекуларната биологија, два нуклеотида кои се наоѓаат на спротивните комплементарни ДНК или РНК вериги и се поврзани со водородни врски се нарекуваат базен пар (честопати скратено во bp). При канонското спарување на Вотсон-Крик, аденин (А) формира базен пар со тимин (Т), а гванин (Г) формира базен пар со цитозин (Ц) во ДНК. Во РНК, тиминот е заменет со урацил (У). Исто така, се јавуваат и алтернативни начини на водородно врзување, како што се wobble базното спарување и Hoogsteen базното спарување, кои најчесто се присутни во РНК и се одговорни за сложените и функционални терциерни структури на РНК. Значајно е што спарувањето е исто така механизам со кој кодоните на информационите РНК молекули (иРНК) се препознаваат од страна на антикодоните на транспортните РНК молекули (тРНК) за време на процесот на транслација при синтезата на белковини (протеини). Ензимите кои се врзуваат за ДНК или РНК можат да препознаат специфични шеми на базни спарувања, кои служат за идентификација на одредени генски регулаторни региони. Водородното врзување е основниот хемиски механизам на правилата за базно спарување, опишани погоре. Соодветната геометриска кореспонденција на донорите и акцепторите на водородни врски овозможува само „вистинските“ парови да се одржат како стабилни. ДНК молекулите со висока содржина на ГЦ се постабилни од ДНК молекулите со ниска содржина на ГЦ, но, спротивно на популарното верување, водородните врски значително не ја стабилизираат ДНК молекулата, туку стабилизацијата главно се должи на стекинг интеракциите.[2]

Поголемите азотни бази, аденин и гванин, се членови на класата на двоциклични органски соединенија наречени пурини; додека помалите азотни бази, цитозин, тимин и урацил, се членови на класата на едноциклични органски соединенија наречени пиримидини. Пурините се комплементарни само со пиримидините: пиримидин-пиримидин паровите се енергетски нестабилни поради тоа што молекулите се премногу оддалечени за да се формира стабилна водородна врска; пурин-пурин паровите се исто така енергетски нестабилни поради тоа што молекулите се премногу блиски, што доведува до одбивни сили. Единствените други можни спарувања се ГТ и АЦ; овие спарувања се неусогласени, бидејќи шемата на водородни донори и акцептори не одговара. Wobble базното спарување помеѓу Г и У, со помош на две водородни врски, прилично често се јавува во РНК.

Хибридизација кај нуклеинските киселини[уреди | уреди извор]

Хибридизацијата е процес на формирање на двоен хеликс (двојна спирала) преку врзување на комплементарните базни парови. Топењето е процес при кој се прекинуваат интеракциите помеѓу веригите на двојниот хеликс, со што се одвојуваат двете вериги (нишки) на нуклеинската киселина. Водородните врски се релативно слаби, така да со благо загревање, дејство на ензими или физичка сила тие лесно се нарушуваат. Топењето првенствено се случува на одредени места во нуклеинската киселина.[3] Секвенците богати со Т и А полесно се топат од секвенците богати со Г и Ц. Одредени базни скали се, исто така, подложни на топење, особено базните скали на Т А и Т Г.[4] Овие механички карактеристики се рефлектираат во употребата на секвенци како што е TATAA на почетокот на многу гени за да ѝ се овозможи на РНК полимеразата полесно топење на ДНК за почеток на транскрипцијата.

Одвојувањето на ДНК нишките со благо загревање, што се користи кај ПВР методот, е можно доколку молекулите имаат помалку од околу 10.000 базни парови (10 килобазни парови или 10 kbp). Преплетувањето кај подолгите ДНК вериги прави да тие потешко се одделуваат. Клетката го решава овој проблем на тој начин што ензимите за топење на ДНК (хеликази) делуваат паралелно со топоизомеразите, кои хемиски го раскинуваат фосфатниот 'рбет на една од веригите, така да може да се врти околу другата. Хеликазите ги одврзуваат веригите за да го олеснат движењето на ензимите кои ги читаат секвенците, како што е ДНК полимеразата.

Мотиви на секундарна структура[уреди | уреди извор]

Главните хеликсни структури на нуклеинските киселини (А-, Б - и З-форма)

Секундарната структура на нуклеинските киселини генерално е поделена на: хеликси (континуирани базни парови) и разни видови на петелки (неспарени нуклеотиди опкружени со хеликси). Често овие елементи или нивни комбинации понатаму се класифицираат во дополнителни категории, вклучувајќи ги, на пример, тетрапетелките, псевдојазлите и стебло-петелките.

Двоен хеликс[уреди | уреди извор]

Двојниот хеликс е важна терциерна структура на нуклеинските киселини, која е интимно поврзана со секундарната структура на молекулата. Двојниот хеликс се формира во региони со многу последователни базни парови.

Двојниот хеликс на нуклеинска киселина е спирален полимер, најчесто десностран, кој содржи две полинуклеотидни нишки, базно спарени меѓусебе. Единечно свртување на хеликсот содржи десет нуклеотиди, и содржи голем жлеб и мал жлеб, со тоа што големиот жлеб е поширок од малиот жлеб. Поради оваа разлика во ширината, протеините кои се врзуваат за ДНК најчесто тоа го прават преку големиот жлеб.[5] Можни се повеќе форми на двојниот хеликс; за ДНК трите биолошки релевантни форми се А-ДНК, Б-ДНК и З-ДНК, додека РНК двојните хеликси имаат структури слични на А-формата на ДНК.

Структури на стебло-петелка[уреди | уреди извор]

Секундарна структура на стебло-петелка кај РНК

Структурата на стебло-петелка (честопати нарекувана „шнола“, анг. hairpin), во која базно-спарениот хеликс завршува со кратка неспарена петелка, е доста честа и претставува основна градбена единица за поголеми структурни мотиви, како што се структурите на детелина, кои се состојат од крстосница меѓу четири хеликса, а се среќаваат кај тРНК молекулите. Внатрешните петелки (кратки низи на неспарени бази во состав на подолг спарен хеликс) и испакнатините (региони во кои едната верига на хеликсот има „екстра“ вметнати бази, додека соодветниот регион на другата верига нема) исто така се чести.

Постојат многу секундарни структурни елементи од функционална важност за биолошките РНК молекули; познати примери се Rho-независните терминатори и тРНК детелината. Во тек е активно истражување за утврдување на секундарната структура на молекулите на РНА, со пристапи кои вклучуваат и експериментални и сметачки методи.

Псевдојазли[уреди | уреди извор]

Структура на псевдојазол кај РНК

Псевдојазолот е секундарна структура на нуклеинска киселина која содржи најмалку две структури на стебло-петелка, кај кои половина од едното стебло е вметнато помеѓу двете половини на другото стебло. Псевдојазлите се преклопуваат во тридимензионални конформации во облик на јазол, но не се вистински тополошки јазли. Спарувањето на базите во псевдојазлите не е добро вгнездено; т.е., постојат базни парови кои се „преклопуваат“ меѓу себе во положбата на секвенцата. Ова го прави присуството на општи псевдојазли во секвенците на нуклеинските киселини невозможно да се предвиди со стандардниот метод на динамичко програмирање, кој користи рекурзивен систем за бодување за да идентификуваат спарени стебла и, следствено, не може да открие невгнездени базни парови со вообичаените алгоритми. Сепак, ограничени поткласи на псевдојазли можат да се предвидат со користење на модифицирани динамички програми.[6] Поновите техники за предвидување на структура, како што е стохастичката контексно-независна граматика, исто така, не се во состојба да ги предвидат псевдојазлите.

Псевдојазлите можат да формираат различни структури со каталитичка активност,[7] а неколку значајни биолошки процеси се посредувани од РНК молекули кои формираат псевдојазли. На пример, РНК компонентата на хуманата теломераза содржи псевдојазол кој е критичен за нејзината активност.[8] Рибозимот на хепатитис делта вирусот е добро познат пример за каталитичка РНК со псевдојазол во активното место.[9][10] Иако ДНК исто така може да формира псевдојазли, тие обично не се присутни при стандардни физиолошки услови.

Предвидување на секундарните структури[уреди | уреди извор]

Повеќето методи за предвидување на секундарните структури на нуклеинските киселини се базираат на најблискиот соседен термодинамички модел.[11][12] Најчеста метода за одредување на најверојатните структури на дадена полинуклеотидна низа користи алгоритам на динамичко програмирање кој ги бара оние структури со ниска слободна енергија.[13] Алгоритмите на динамичко програмирање често забрануваат псевдојазли или други случаи каде базните парови не се целосно вгнездени, бидејќи земањето во предвид на овие структури го прави сметачкиот процес екстремно тежок. Други методи, како што е стохастичката контексно-независна граматика, исто така, може да се користат за да се предвиди секундарната структура на нуклеинските киселини.

За многу РНК молекули, секундарната структура е многу поважна за нивното правилно функционирање - честопати повеќе од примарната секвенца. Овој факт помага во анализата на некодирачките РНК, кои понекогаш се нарекуваат „РНК гени“. Една од апликациите на биоинформатиката е користењето на предвидени секундарни структури на РНК кога во одреден геном се бараат некодирачки, но функционални форми на РНК. На пример, микроРНК молекулите имаат структури на долги стебло-петелка испрекинати со мали внатрешни петелки.

Секундарната структура на РНК има улога во РНК сплајсинг кај одредени видови. Кај луѓето и другите тетраподи, покажано е дека без протеинот U2AF2, процесот на сплајсинг е инхибиран. Меѓутоа, кај рибата-зебра и другите видови на целокоскени риби процесот на РНА сплајсинг може да се одвива кај одредени гени и во отсуство на U2AF2. Ова се јавува веројатно затоа што 10% од гените на рибата-зебра имаат наизменични ТГ и АЦ базни парови на 3' позицијата на сплајсинг и 5' позицијата на сплајсинг, соодветно, на секој интрон, што ја менува секундарната структура на РНК. Ова сугерира дека секундарната структура на РНК може да влијае врз сплајсингот, потенцијално без помошта на протеините како U2AF2, за кои се сметаше дека се неопходни за одвивањето на овој процес.[14]

Поврзано[уреди | уреди извор]

Наводи[уреди | уреди извор]

  1. Dirks, Robert M.; Lin, Milo; Winfree, Erik; Pierce, Niles A. (2004 г). Paradigms for computational nucleic acid design. „Nucleic Acids Research“ том  32 (4): 1392–1403. doi:10.1093/nar/gkh291. ISSN 1362-4962. PMID 14990744. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14990744. 
  2. Yakovchuk, Peter; Protozanova, Ekaterina; Frank-Kamenetskii, Maxim D. (2006 г). Base-stacking and base-pairing contributions into thermal stability of the DNA double helix. „Nucleic Acids Research“ том  34 (2): 564–574. doi:10.1093/nar/gkj454. ISSN 1362-4962. PMID 16449200. PMC: PMC1360284. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16449200. 
  3. Breslauer, K. J.; Frank, R.; Blöcker, H.; Marky, L. A. (1 јуни 1986 г). Predicting DNA duplex stability from the base sequence. „Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America“ том  83 (11): 3746–3750. ISSN 0027-8424. PMID 3459152. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/3459152. 
  4. "Melting temperature, Tm, of DNA oligonucleotide". www.owczarzy.net. конс. 2018-06-14. 
  5. Pabo, C. O.; Sauer, R. T. (1984 г). Protein-DNA recognition. „Annual Review of Biochemistry“ том  53: 293–321. doi:10.1146/annurev.bi.53.070184.001453. ISSN 0066-4154. PMID 6236744. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/6236744. 
  6. Rivas, E.; Eddy, S. R. (5 февруари 1999 г). A dynamic programming algorithm for RNA structure prediction including pseudoknots. „Journal of Molecular Biology“ том  285 (5): 2053–2068. doi:10.1006/jmbi.1998.2436. ISSN 0022-2836. PMID 9925784. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9925784. 
  7. Staple, David W.; Butcher, Samuel E. (1 јуни 2005 г). Pseudoknots: RNA structures with diverse functions. „PLoS biology“ том  3 (6): e213. doi:10.1371/journal.pbio.0030213. ISSN 1545-7885. PMID 15941360. PMC: PMC1149493. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15941360. 
  8. Chen, Jiunn-Liang; Greider, Carol W. (7 јуни 2005 г). Functional analysis of the pseudoknot structure in human telomerase RNA. „Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America“ том  102 (23): 8080–8085; discussion 8077–8079. doi:10.1073/pnas.0502259102. ISSN 0027-8424. PMID 15849264. PMC: PMC1149427. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15849264. 
  9. Ferré-D'Amaré, A. R.; Zhou, K.; Doudna, J. A. (8 октомври 1998 г). Crystal structure of a hepatitis delta virus ribozyme. „Nature“ том  395 (6702): 567–574. doi:10.1038/26912. ISSN 0028-0836. PMID 9783582. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9783582. 
  10. Lai, Michael M. C. (1 јуни 1995 г). The Molecular Biology of Hepatitis Delta Virus (на en). „Annual Review of Biochemistry“ том  64 (1): 259–286. doi:10.1146/annurev.bi.64.070195.001355. ISSN 0066-4154. https://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev.bi.64.070195.001355. 
  11. Xia, T.; SantaLucia, J.; Burkard, M. E.; Kierzek, R.; Schroeder, S. J.; Jiao, X.; Cox, C.; Turner, D. H. (20 октомври 1998 г). Thermodynamic parameters for an expanded nearest-neighbor model for formation of RNA duplexes with Watson-Crick base pairs. „Biochemistry“ том  37 (42): 14719–14735. doi:10.1021/bi9809425. ISSN 0006-2960. PMID 9778347. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9778347. 
  12. Mathews, David H.; Disney, Matthew D.; Childs, Jessica L.; Schroeder, Susan J.; Zuker, Michael; Turner, Douglas H. (11 мај 2004 г). Incorporating chemical modification constraints into a dynamic programming algorithm for prediction of RNA secondary structure. „Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America“ том  101 (19): 7287–7292. doi:10.1073/pnas.0401799101. ISSN 0027-8424. PMID 15123812. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15123812. 
  13. Zuker, M. (7 април 1989 г). On finding all suboptimal foldings of an RNA molecule. „Science (New York, N.Y.)“ том  244 (4900): 48–52. ISSN 0036-8075. PMID 2468181. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2468181. 
  14. Lin, Chien-Ling; Taggart, Allison J.; Lim, Kian Huat; Cygan, Kamil J.; Ferraris, Luciana; Creton, Robbert; Huang, Yen-Tsung; Fairbrother, William G. (1 јануари 2016 г). RNA structure replaces the need for U2AF2 in splicing. „Genome Research“ том  26 (1): 12–23. doi:10.1101/gr.181008.114. ISSN 1549-5469. PMID 26566657. PMC: PMC4691745. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26566657. 

Надворешни врски[уреди | уреди извор]