РК Алкалоид службено бил основан на 7 јули 2021 година. Зад клубот стои фармацефтскотопретпријатиеАлкалоид, на чело со Живко Мукаетов, која е 100% сопственик на клубот. Со меморандум за соработка, било службено постигнато партнерството на РК Алкалоид со брендот на Кирил Лазаров, „КЛ7“.[1] Тогаш, натпреварите на домашен терен екипата ги играла во А1 Арена Борис Трајковски. РК Алкалоид започнал да се натпреварува во Првата македонска лига во сезоната 2021/22. Прв претседател на клубот бил поранешниот ракометар Горан Минов.[2]
На 18 септември, екипата на РК Алкалоид го одиграла својот прв службен натпревар. Во играчкиот состав на РК Алкалоид за првата сезоната биле: голмани: Иван Галевски, Ѓорѓи Ерманоски, Валентино Штаковски; бекови: Мартин Серафимов, Игор Ѓоргиев, Теодор Тодески, Олег Јорданов, Михаил Ивановски, Божидар Илиески; кружни напаѓачи: Кристијан Симоноски, Марко Стојковиќ, Дамјан Георгиевски; крила: Дарио Кофилоски, Александар Стојков, Мартин Димовски, Михајло Костовски. Во стручниот штаб за истата сезона бил: Љубомир Савевски како главен тренер, и Билјана Црвенкоска, Бранислав Ангеловски, Влатко Котески како помошници тренери.[1] Сезоната 2021/22, РК Алкалоид успеал да стане првак, обезбедувајќи пласман во Супер лигата за сезоната 2022/23.[3]
На крајот на мај 2022 година, клубот доставил барање за да ја земе под концесија Спортската сала Автокоманда.[4] Во меѓувреме, екипата на Алкалоид играла како домашна екипа во Спортскиот центар Јане Сандански.[5] Веќе на 24 декември истата година, нодновената сала била пуштена во употреба. Со тоа, салата станала домашно тло и на вториот клуб во посед на Алкалоид, РК Мулти Есенс[6] кој бил создаден истата година.[7]
Сезоната 2022/23 Алкалоид бил вицепрвак во Супер лигата. Со тој подвиг, Алкалоид обезбедил учество во Европската лига и тоа директно во групната фаза од натпреварувањето.[8]