Молекуларна динамика

Молекуларните динамични симулации често се користат да се изучи биофизичкиот систем. Овде се прикажани 100 ps симулации на вода.

Молекуларна динамика (МД) е техника за компјутерско симулирање и обработка на физичките движења на атомите и молекулите. Честичките (атоми и молекули) смеат да влијаат на другите честички околу нив за одреден временски период, создавајќи динамична „еволуција“ на системот. Во најчесто користената верзија, траекториите на честичките се добиени како бројчено решение на Њутновите закони на движење за систем на честички со меѓусебна интеракција. При решавањето на овие равенки, силите меѓу честичките и потенцијалната енергија се пресметуваат од потенцијали за атомско заемодејство. Оваа методика најчесто се користи во хемиска физика, наука на материјали или биофизика.