Белковинско потсемејство
Белковинско потсемејство — степен во класификацијата на белковините врз основа на нивните блиски еволутивни односи. Ова ниво се наоѓа под повисоките степени на белковинско семејство и белковинско натсемејство.[1]
Белковините обично делат поголема сличност во аминокиселинската низа и функцијата со членовите во склоп на едно потсемејство, отколку со членовите на семејството.[1][2] На пример, во SCOP системот за класификација, членовите на едно потсемејство споделуваат исто посредиште на заемодејство и заемодејствени партнери.[3] Овие критериуми се построги отколку кај семејството, каде членовите имаат слични структури, но можат да бидат подалечно сродни и да имаат различни поседишта. Постојат различни методи за назначување на потсемејство, вклучувајќи сличности во низата,[4] низни мотиви поврзани со функцијата,[5] или филогенетски клад.[6][7] Не постои прецизна и доследна разлика меѓу белковинско потсемејство и семејство. Иста група на белковини понекогаш може да биде опишана како семејство или како потсемејство, во зависност од контекстот.
Наводи[уреди | уреди извор]
- ↑ 1,0 1,1 „What are protein families?“. EMBL-EBI Train online (англиски). 2011-11-18. Посетено на 2018-03-08.
- ↑ Das, Sayoni; Orengo, Christine A. „Protein function annotation using protein domain family resources“. Methods. 93: 24–34. doi:10.1016/j.ymeth.2015.09.029.
- ↑ Rausell, Antonio; Juan, David; Pazos, Florencio; Valencia, Alfonso (2010-02-02). „Protein interactions and ligand binding: From protein subfamilies to functional specificity“. Proceedings of the National Academy of Sciences. 107 (5): 1995–2000. doi:10.1073/pnas.0908044107.
- ↑ Brown, Duncan P.; Krishnamurthy, Nandini; Sjölander, Kimmen (2007-08-17). „Automated Protein Subfamily Identification and Classification“. PLOS Computational Biology (англиски). 3 (8): e160. doi:10.1371/journal.pcbi.0030160. ISSN 1553-7358.
- ↑ Eisen, Jonathan A.; Sweder, Kevin S.; Hanawalt, Philip C. (1995-07-25). „Evolution of the SNF2 family of proteins: subfamilies with distinct sequences and functions“. Nucleic Acids Research (англиски). 23 (14): 2715–2723. doi:10.1093/nar/23.14.2715. ISSN 0305-1048.
- ↑ Wicker, Nicolas; Perrin, Guy René; Thierry, Jean Claude; Poch, Olivier (2001-08-01). „Secator: A Program for Inferring Protein Subfamilies from Phylogenetic Trees“. Molecular Biology and Evolution (англиски). 18 (8): 1435–1441. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a003929. ISSN 0737-4038.
- ↑ Mi, Huaiyu; Poudel, Sagar; Muruganujan, Anushya; Casagrande, John T.; Thomas, Paul D. (2016-01-04). „PANTHER version 10: expanded protein families and functions, and analysis tools“. Nucleic Acids Research (англиски). 44 (D1): D336–D342. doi:10.1093/nar/gkv1194. ISSN 0305-1048.
Надворешни врски[уреди | уреди извор]
- SCOP DB на Кембриџ, Велика Британија (англиски)
- CATH белковинска структура DB (англиски)
с