Насоченост (молекуларна биологија)

Од Википедија, слободната енциклопедија
Прејди на: содржини, барај
Дијаграм на фуранозна молекула чии јаглеродни атоми се обележани со стандардно обележување.
Фрагмент од нуклеинска киселина која ја покажува 5'-3' насоченоста.

Насоченоста (directionality) во молекуларната биологија е поим кој се однесува на хемиската ориентација од еден крај до друг на дадена единечна низа од нуклеинска киселина.

5' крај[уреди]

5' (пет прим) крајот го означува крајниот дел на една ДНК или РНК низа, чиј петти јаглероден атом во фуранозниот прстен на деоксирибозата или рибозата е краен (терминален). Фосфатната група прикачена за 5' крајот ја овозможува лигацијата на два нуклеотида, што подразбира ковалентно поврзување на 5'-фосфатот со 3'-хидроксилната група од друг нуклеотид, со што се формира фосфодиестерска врска. Со отстранувањето на 5'-фосфатот се спречува лигацијата. За да се спречи непожелна лигација на нуклеинската киселина (како на пример самолигација на плазмиден вектор при ДНК клонирањето), молекуларните биолози го отстрануваат 5'-фосфатот со употреба на ензим фосфатаза.

5' крајот на насцентна информациона РНК е место каде се случува пост-транскрипциското кепување (од англиски cap - капа), процес кој е од витално значење за производството на зрела информациона РНК. Кепувањето ја зголемува стабилноста на информационата РНК за време на транслацијата, давајќи и отпорност на дегенеративните ефекти на егзонуклеазите. Се состои од метилиран нуклеотид (метилгванозин) приврзан за информационата РНК со ретка 5'-5' трифосфатна врска.

5' страничниот, flanking регион на еден ген често укажува на регион на ДНК кој не е транскрибиран во РНК. 5' страничниот регион го содржи генскиот промотор, а може да содржи и засилувачи или други врзувачки места за протеини.

5' непреведениот регион (5' НПР или 5' непреведен регион, 5' UTR) е регион од генот кој се транскрибира во информациона РНК (mRNA) и се наоѓа на 5' крајот од mRNA, но тој не содржи протеин-кодирачка низа. 5' непреведениот регион е делот од ДНК кој почнува од местото на кепување и се протега до базата сместена токму пред ATG кодонот за започнување на транслацијата (преведувањето). Иако самиот не се преведува, овој регион може да има низи, како рибозомското врзувачко место и Козачка низа, кои ја одредеуваат ефикасноста на транслацијата на mRNA или кои може да влијаат врз стабилноста на mRNA.

3' крај[уреди]

Дијаграм на фосфодиестерската врска (заокружена) меѓу нуклеотидите.

3' крајот (три прим) на низата е именуван по тоа што завршува со хидроксилна група сместена на третиот јаглероден атом од фуранозниот прстен, и е познат и како опашен крај. 3' хидроксилната група е потребна за синтезата на нови молекули од нуклеинска киселина, бидејќи се поврзува со 5'-фосфатот на друг нуклеотид, дозволувајќи образување на низни од поврзани нуклеотиди.

Молекуларните биолози може да користат нуклеотиди кај кои нема 3'-хидроксилна група (дидеоксирибонуклеотиди) за да ја спречат репликацијата на ДНК. Оваа техника е позната како дидеокси верижна терминација или Сангеров метод, кој се користи за одредување на редоследот на нуклеотиди во ДНК.

3' крајот на насцентната информациона РНК е местото каде се случува пост-транскрипциска полиаденилација, со која се приврзува ланец (низа) од 50 до 250 аденозински остатоци и се добива зрела информациона РНК. Овој ланец помага при одредувањето на тоа колку долго опстојува РНК во клетката, што влијае на тоа колку протеини се произведуваат од неа.

3' страничниот, flanking регион е регион на ДНК кој не се копира во зрелата mRNA, но е присутен до 3' крајот на генот. Најпрво се мислело дека 3' страничната ДНК не се транскрибира воопшто, но се открило дека се транскрибира во РНК и брзо се отстранува за време на процесирањето на примарниот транскрипт, со што се добива зрела mRNA. 3' страничниот регион често содржи низи кои влијаат на образувањето на 3' крајот на mRNA. Може да има и засилувачи или други врзувачки места за протеини.

3' непреведениот регион (3' UTR) е регион од ДНК кој се транскрибира во mRNA и станува 3' крај на mRNA, но не содржи низа за кодирање за протеини. Сè што се наоѓа меѓу стоп кодонот и полиА опашката се смета дека е 3' непреведено. 3' непреведениот регион може да влијае врз ефикасноста на транслацијата на mRNA или врз нејзината стабилност. Има и низи кои се потребни за додавање на поли(А) опашката на mRNA, вклучувајќи го и хексануклеотидот AAUAAA.

Наводи[уреди]

  • Lodish; et al. (2004). „Молекуларна клеточна биологија“ (5th издание). New York: W.H. Freeman and Company. ISBN 0716743663. 

Надворешни врски[уреди]